23S ribozomální RNA - 23S ribosomal RNA
| 23S a 5S ribozomální RNA | |
|---|---|
 23S a 5S rRNA indikující čísla nukleotidů, čísla šroubovice a domény
| |
| Identifikátory | |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen ; rRNA |
| Domény | Bakterie |
| TAK | SO: 0001263 |
| PDB struktury | PDBe |
23S rRNA je 2904 nukleotidů dlouhý (v E. coli ) složka velké podjednotky ( 50S ) bakteriálního / Archean ribozomu a tvoří centru peptidyl-transferázy (PTC). 23S rRNA je rozdělena do šesti sekundárních strukturálních domén s názvem I-VI, přičemž odpovídající 5S rRNA je považována za doménu VII. Aktivita ribozomální peptidyltransferázy spočívá v doméně V této rRNA, která je také nejběžnějším vazebným místem pro antibiotika, která inhibují translaci, což z ní činí cíl pro ribozomální inženýrství. Známý člen této třídy antibiotik, chloramfenikol , působí tak, že inhibuje tvorbu peptidové vazby, přičemž nedávné 3D strukturální studie ukazují dvě různá vazebná místa v závislosti na druhu ribozomu. Četné mutace v doménách 23S rRNA s aktivitou peptidyltransferázy vedly k rezistenci na antibiotika. Geny 23S rRNA mají typicky vyšší variace sekvence, včetně inzercí a/nebo delecí, ve srovnání s jinými rRNA.
Eukaryotický homolog 23S LSU rRNA je 28S ribozomální RNA , s oblastí vyplněnou 5,8S ribozomální RNA .
Funkce 23S rRNA
Obecně má rRNA zásadní funkci peptidyltransferázy. Stimulační jádro ribozomu hraje roli v konfiguraci peptidové vazby. Peptidyl-tRNA i aminoacyl-tRNA jsou důležité pro syntézu proteinů a transpeptidační reakci. Pozice 23S rRNA (G2252, A2451, U2506 a U2585) však mají významnou funkci pro vazbu tRNA v místě P velké ribozomální podjednotky. Tyto modifikační nukleotidy v místě P mohou inhibovat vazbu peptidyl-tRNA. Modifikace U2555 může také zasahovat přenosem peptidyl-tRNA do puromycinu. Chemická modifikace poloviny těchto poloh G2251, G2253, A2439 a U2584 navíc nemůže zabránit vazbě tRNA. Peptidyl-tRNA 50S podjednotek, která se váže na místo P, zachovává osm poloh 23S rRNA před chemickou modifikací. Na druhé straně může mít mutace v 23S rRNA také dopad na růst buněk. Mutace A1912G, A1919G a Ψ1917C mají silné růstové fenotypy a zabraňují translaci, zatímco mutace A1916G má jednoduchý růstový fenotyp a vede k defektu podjednotek 50S.
Viz také
Reference
externí odkazy
- Stránka pro 23S_ribosomal_RNA na Rfam
- Vstup pseudobáze pro pseudoknot 23S ribozomální RNA (PKB00148)
 |
Tento článek z molekulární nebo buněčné biologie je útržek . Wikipedii můžete pomoci jejím rozšířením . |