Analýza molekulární variance - Analysis of molecular variance

Analýza molekulární variance ( AMOVA ) je statistický model molekulárního algoritmu u jediného druhu , obvykle biologického . Název a model jsou inspirovány ANOVA . Metodu vyvinuli Laurent Excoffier , Peter Smouse a Joseph Quattro na Rutgers University v roce 1992.

Od vývoje AMOVA napsal Excoffier program pro provádění takových analýz. Tento program, který běží na Windows , se nazývá Arlequin a je volně dostupný na webových stránkách Excoffier. K dispozici jsou také implementace v jazyce R v balíčcích ade4 a pegas, které jsou k dispozici na CRAN (Comprehensive R Archive Network). Další implementace je v Info-Gen , který také běží na Windows . Studentská verze je zdarma a plně funkční. Rodným jazykem aplikace je španělština, ale k dispozici je také anglická verze.

Další bezplatný statistický balíček, GenAlEx, je zaměřen jak na výuku, tak na výzkum a umožňuje použít a porovnat komplexní genetické analýzy v rámci běžně používaného rozhraní Microsoft Excel. Tento software umožňuje výpočet analýz, jako je AMOVA, a také srovnání s jinými typy úzce souvisejících statistik, včetně F-statistik a Shannonova indexu a dalších.

Reference

  1. ^ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (červen 1992). „Analýza molekulární odchylky odvozená z metrických vzdáleností mezi haplotypy DNA: aplikace na údaje o omezení lidské mitochondriální DNA“ (Plný text) . Genetika . 131 (2): 479–91. ISSN   0016-6731 . PMC   1205020 . PMID   1644282 .
  2. ^ Peakall, R. a Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: genetická analýza v aplikaci Excel. Populační genetický software pro výuku a výzkum - aktualizace. Bioinformatika 28, 2537–2539.

externí odkazy