BioPAX - BioPAX
BioPAX (Biological Pathway Exchange) je standardní jazyk založený na RDF / OWL , který představuje biologické cesty na molekulární a buněčné úrovni. Jeho hlavním využitím je usnadnit výměnu údajů o dráze. Data Pathway zachycují naše chápání biologických procesů, ale jejich rychlý růst vyžaduje vývoj databází a výpočetních nástrojů pro lepší interpretaci. Současná fragmentace informací o dráze napříč mnoha databázemi s nekompatibilními formáty však představuje překážky pro jejich efektivní využití. BioPAX řeší tento problém tím, že podstatně usnadňuje shromažďování, indexování, interpretaci a sdílení dat o trasách. BioPAX může představovat metabolické a signální dráhy, molekulární a genetické interakce a sítě pro regulaci genů. BioPAX byl vytvořen komunitním procesem. Prostřednictvím BioPAX jsou k dispozici miliony interakcí uspořádaných do tisíců cest napříč mnoha organismy z rostoucího počtu zdrojů. Proto je k dispozici velké množství dat o dráze ve vypočítatelné formě na podporu vizualizace, analýzy a biologického objevu.
Je podporován řadou online databází (např. Reactome ) a nástrojů. Nejnovější vydanou verzí je BioPAX úrovně 3. Existuje také snaha vytvořit verzi BioPAX jako součást OBO .
Správa a rozvoj
Další verze BioPAX, úroveň 4, je vyvíjena komunitou výzkumníků. Vývoj koordinuje správní rada a usnadňují jej různé pracovní skupiny BioPAX.
Systems Biology Pathway Exchange (SBPAX) je rozšíření pro úroveň 3 a návrh pro úroveň 4 pro přidání kvantitativních údajů a termínů systémové biologie (například Systems Biology Ontology ). Export SBPAX byl implementován databázemi drah Signaling Gateway Molecule Pages a SABIO-Reaction Kinetics Database . Import SBPAX byl implementován rámcem celulárního modelování Virtual Cell .
Mezi další návrhy pro úroveň 4 patří vylepšená podpora pro sémantický web , ověřování a vizualizace.
Databáze s exportem BioPAX
Online databáze nabízející export BioPAX zahrnují:
- Stránky molekul signální brány (SGMP)
- Reactome
- BioCyc
- INOH
- BioModely
- Databáze interakcí mezi přírodou a NCI
- Mapa buněk rakoviny
- Pathway Commons
- Netpath - upravený zdroj drah přenosu signálu u lidí
- ConsensusPathDB - databáze integrující lidské funkční interakční sítě
- PANTHER ( Seznam cest )
- WikiPathways
- PharmGKB / PharmGKB *
Software
Software podporující BioPAX zahrnuje:
- Paxtools , Java API pro zpracování souborů BioPAX
- Systems Biology Linker (Sybil) , aplikace pro vizualizaci BioPAX a převod BioPAX na SBML , jako součást virtuální buňky .
- ChiBE (Chisio BioPAX Editor), aplikace pro vizualizaci a úpravy BioPAX.
- BioPAX Validator - syntaxe a sémantická pravidla a osvědčené postupy ( projekt wiki )
- Cytoscape obsahuje čtečku BioPAX a další rozšíření, například plugin PathwayCommons a aplikaci CyPath2.
- BiNoM , plugin pro cytoscape pro síťovou analýzu, s funkcemi pro import a export souborů BioPAX úrovně 3.
- BioPAX-pattern , Java API pro definování a vyhledávání vzorů grafů v souborech BioPAX.