Candidatus - Candidatus
V prokaryote názvosloví , Candidatus (latinsky kandidáta římského období) se používá pro pojmenování prokaryotické phyla, které jsou dobře známy, ale dosud nekulturní. Současné sekvenční přístupy, jako je 16S sekvencování nebo metagenomika , poskytují mnoho informací o analyzovaných organismech a umožňují tak identifikovat a charakterizovat jednotlivé druhy. Většina prokaryotických druhů však zůstává nekultivovatelná, a proto nepřístupná pro další charakterizaci ve studii in vitro . Nedávné objevy mnoha kandidátních taxonů vedly k tomu, že kandidátské fylové záření rozšířilo strom života prostřednictvím nových poznatků v bakteriální rozmanitosti.
Nomenklatura
Dějiny
Počáteční mezinárodní kód nomenklatury prokaryot , stejně jako rané revize nezohledňovaly možnost identifikace prokaryot, které ještě nebyly kultivovatelné. Proto byl termín Candidatus navržen v kontextu konference Mezinárodního výboru pro systematiku prokaryot (ICSP, dříve Mezinárodní výbor pro systematickou bakteriologii) v roce 1994 za účelem zahájení revize kódu. Vzhledem k rostoucímu počtu taxonů Candidatus spojených s pokračujícím pokrokem v technologiích sekvenování přijal ICSP v roce 1996 Mezinárodní kodex nomenklatury prokaryot přidáním dodatku pro taxony Candidatus (v nejnovější verzi dodatek 11). Nomenklatura taxonů Candidatus však stále není pokryta obecnými pravidly prokaryotického kodexu, což vede k probíhajícím diskusím a návrhům na změnu současného kódu s cílem udělit přednost taxonům Candidatus .
Pojmenování
V současné době lze použít prozatímní stav „ Candidatus “, pokud jsou splněny následující požadavky:
„(a) Genomické informace [...] k určení fylogenetické polohy organismu
b) Všechny dosud dostupné informace o:
i.) struktura a morfologie ii) fyziologie a metabolismus iii) reprodukční vlastnosti iv) přirozené prostředí, ve kterém lze organismus identifikovat a v) jakékoli další dostupné a vhodné informace “.
Druhové jméno organismu ve stavu Candidatus se skládá ze slova Candidatus , za kterým následuje buď rodové jméno s konkrétním epitetonem, nebo pouze rodové jméno, nebo pouze konkrétní epiteton. Příklady zahrnují Candidatus Liberobacter asiaticum; Candidatus magnetobacterium; Candidatus intracellularis. Seznam všech taxonů Candidatus je veden Soudní komisí ICSP ve spolupráci s Redakční radou IJSEM a je v příslušných intervalech aktualizován. Jakmile budou taxony Candidatus úspěšně kultivovány, název bude z tohoto seznamu odstraněn a bude navržen nový název v souladu s Mezinárodním kódem názvosloví prokaryot .
Kultivovatelnost
Faktory prostředí
Existuje několik důvodů, proč mnoho prokaryotických druhů neroste v laboratoři, z nichž mnohé zůstávají špatně pochopeny. Jedním z těchto důvodů je prostředí, ze kterého se druhy získávají, které lze v laboratorních podmínkách obtížně simulovat. Mnoho prokaryot má velmi specifické požadavky na růst, včetně potřeby specifického složení živin, specifických podmínek pH, teplot, atmosférického tlaku nebo hladin kyslíku. Většina komerčně dostupných růstových médií a inkubační protokoly tyto požadavky špatně splňovaly, takže bylo nutné provést komplexní posouzení stanovišť, aby se úspěšně izolovaly požadované bakterie ze vzorků životního prostředí.
Interakce druhů
Většina prokaryotických druhů nežije sama, ale spíše ve složitých společenstvech s jinými druhy ze všech království života. V důsledku toho závisí mnoho druhů na růstu vlastních buněk na metabolitech nebo signálních sloučeninách sousedních druhů. Identifikace požadovaných látek může být náročná, ale jakmile je identifikována, může být k potenciálnímu pěstování zájmových druhů použita společná kultivace nebo přidání specifické sloučeniny.
Redukce genomu
Mnoho případů interakce druhů má symbiotickou povahu, která je definována jako intimní, dlouhodobý vztah mezi dvěma nebo více druhy, které mohou být buď vzájemné, neutrální nebo škodlivé. V závislosti na umístění symbionta mohou být symbionti buď ektosymbionti, nebo endosymbionti. U endosymbiotických bakterií byla pozorována drastická redukce genomu prostřednictvím genových delecí, což je považováno za důsledek skutečnosti, že mnoho genů se v chráněném hostitelském prostředí stává nepotřebnými. To často ovlivňuje geny pro opravu DNA a regulaci transkripce, což ztěžuje kultivaci těchto organismů mimo jejich hostitele.
Viz také
- Glosář vědeckého pojmenování
- Mezinárodní kód nomenklatury bakterií
- Seznam taxonů se statusem kandidáta
- Nepopsaný taxon
Reference
Další čtení
- Labeda, DP (1997). „Soudní komise Mezinárodního výboru pro systematickou bakteriologii VIII. Mezinárodní kongres mikrobiologie a aplikované bakteriologie: Zápisy ze zasedání, 17. a 22. srpna 1996, Jeruzalém, Izrael“ . International Journal of Systematic Bacteriology . 47 : 240. doi : 10,1099/00207713-47-1-240 .
- „Mezinárodní výbor pro systematickou bakteriologii VII. Mezinárodní kongres mikrobiologie a aplikované bakteriologie: Zápisy ze zasedání, 17., 18. a 22. srpna 1996, Jeruzalém, Izrael“. International Journal of Systematic Bacteriology . 47 (2): 597–600. 1997. doi : 10,1099/00207713-47-2-597 .
- De Vos, P .; Trüper, HG; Tindall, BJ (2005). „Soudní komise Mezinárodního výboru pro systematiku prokaryot; X. mezinárodní (IUMS) kongres bakteriologie a aplikované mikrobiologie; Zápisy ze zasedání, 28., 29. a 31. července a 1. srpna 2002, Paříž, Francie“ . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 55 : 525–532. doi : 10,1099/ijs.0.63585-0 .
- Stackebrandt, E .; Frederiksen, W .; Garrity, GM; Grimont, PA; Kämpfer, P .; Maiden, MC; Nesme, X .; Rosselló-Mora, R .; Swings, J .; Trüper, HG; Vauterin, L .; Ward, AC; Whitman, WB (2002). „Zpráva ad hoc výboru pro přehodnocení definice druhu v bakteriologii“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 (Pt 3): 1043–1047. doi : 10,1099/ijs.0.02360-0 . PMID 12054223 .