Dendrogram - Dendrogram
Dendrogram je schéma představující strom . Tato schematická reprezentace se často používá v různých kontextech:
- v hierarchickém shlukování ilustruje uspořádání klastrů vytvořených odpovídajícími analýzami.
- ve výpočetní biologii ukazuje shlukování genů nebo vzorků, někdy na okraji teplotních map .
- ve fylogenetice zobrazuje evoluční vztahy mezi různými biologickými taxony . V tomto případě se dendrogramu také říká fylogenetický strom .
Název dendrogram pochází ze dvou starověkých řeckých slov δένδρον ( déndron ), což znamená „strom“, a γράμμα ( grámma ), což znamená „kresba, matematická figura“.
Shlukování příklad
U příkladu shlukování předpokládejme, že UPGMA seskupilo pět taxonů ( do ) na základě matice genetických vzdáleností . Hierarchické shlukování Dendrogram ukáže sloupec pěti uzlů reprezentující počáteční data (zde individuální taxony), a zbývající uzly představují shluky, ke kterému se řadí, ve směru šipek, které představují vzdálenost (nepodobnosti). Vzdálenost mezi sloučenými klastry je monotónní a zvyšuje se s úrovní sloučení: výška každého uzlu v grafu je úměrná hodnotě odlišnosti meziskupinové skupiny mezi jejími dvěma dcerami (uzly vpravo představující jednotlivá pozorování jsou všechny vyneseny na nulu výška).
Viz také
- Cladogram
- Matice vzdálenosti ve fylogenezi
- Hierarchické shlukování
- MEGA , freeware pro kreslení dendrogramů
- yEd , freeware pro kreslení a automatické aranžování dendrogramů
Reference
Citace
Prameny
- Galili, T. (2015). "dendextend: balíček R pro vizualizaci, úpravy a porovnávání stromů hierarchického klastrování" . Bioinformatika . 31 (22): 3718–3720. doi : 10,1093/bioinformatika/btv428 . PMC 4817050 . PMID 26209431 .
externí odkazy
- Irendový dendrogram - Příklad použití dendrogramu k vizualizaci 3 klastrů z hierarchického shlukování pomocí „úplné“ metody vs. kategorie skutečných druhů (pomocí R ).