Dendrogram - Dendrogram

Dendrogram hierarchického shlukování (UPGMA) s výškou uzlů (převzato z bakteriálních sekvenčních dat 5S rRNA).
Výstup dendrogramu pro hierarchické shlukování mořských provincií pomocí přítomnosti / nepřítomnosti druhů houby.
Dendrogram Stromu života . Tento fylogenetický strom je převzat z Woese et al. rRNA analýza. Svislá čára ve spodní části představuje posledního univerzálního společného předka (LUCA).
Tepelná mapa dat RNA-Seq ukazující dva dendrogramy na levém a horním okraji.

Dendrogram je schéma představující strom . Tato schematická reprezentace se často používá v různých kontextech:

Název dendrogram pochází ze dvou starověkých řeckých slov δένδρον ( déndron ), což znamená „strom“, a γράμμα ( grámma ), což znamená „kresba, matematická figura“.

Shlukování příklad

U příkladu shlukování předpokládejme, že UPGMA seskupilo pět taxonů ( do ) na základě matice genetických vzdáleností . Hierarchické shlukování Dendrogram ukáže sloupec pěti uzlů reprezentující počáteční data (zde individuální taxony), a zbývající uzly představují shluky, ke kterému se řadí, ve směru šipek, které představují vzdálenost (nepodobnosti). Vzdálenost mezi sloučenými klastry je monotónní a zvyšuje se s úrovní sloučení: výška každého uzlu v grafu je úměrná hodnotě odlišnosti meziskupinové skupiny mezi jejími dvěma dcerami (uzly vpravo představující jednotlivá pozorování jsou všechny vyneseny na nulu výška).

Viz také

Reference

Citace

Prameny

externí odkazy