Lidská mitochondriální haploskupina DNA - Human mitochondrial DNA haplogroup

Současná distribuce lidské haploskupiny mtDNA na základě analýzy 2054 jedinců z 26 populací. (a) Koláčové grafy na mapě. (b) Počty haploskupin ve formátu tabulky. Podrobnosti o populacích najdete v projektu 1000 Genomes Projekt#Vzorky lidského genomu .

V lidské genetiky , je humánní mitochondriální DNA Haplogroup je haplogroup definován rozdílů v humánní mitochondriální DNA . Haploskupiny se používají k reprezentaci hlavních větvových bodů mitochondriálního fylogenetického stromu. Pochopení evoluční cesty ženské linie pomohlo populačním genetikům vysledovat matrilineární dědičnost moderních lidí zpět k lidskému původu v Africe a následné šíření po celém světě.

Názvy písmen haploskupin (nejen haploskupin mitochondriální DNA) probíhají od A do Z. Protože haploskupiny byly pojmenovány podle pořadí jejich objevu, nemá abecední uspořádání žádný význam, pokud jde o skutečné genetické vztahy.

Hypotetická žena u kořene všech těchto skupin (což znamená jen mitochondriální haploskupiny DNA) je matrilineálním nejnovějším společným předkem (MRCA) pro všechny v současnosti žijící lidi . Běžně se jí říká mitochondriální Eva .

Rychlost, kterou mitochondriální DNA mutuje, je známá jako mitochondriální molekulární hodiny . Jedná se o oblast probíhajícího výzkumu, kdy jedna studie uvádí jednu mutaci za 8000 let.

Fylogeneze

Strom haploskupiny mtDNA a mapa distribuce. Čísla jsou označení haploskupiny, uváděná podle nomenklatury http://www.phylotree.org/ , a udávají polohu jedné z mutací vedoucích k odvozenému haplotypu. (Je zobrazen pouze jeden marker definující větev, nejlépe z kódující oblasti.) Hlavní geografické rysy distribuce haploskupiny jsou zvýrazněny barvou.
Disperzní cesta lidských htloskupin mtDNA

Tento fylogenetický strom je založen na Van Oven (2009).

Chronologie

Odhadovaná mapa světa lidských migrací na základě haploskupin mtDNA.
Haploskupina Est. čas vzniku ( kya ) Možné místo původu Nejvyšší frekvence
L 200
L1-6 170 východní Afrika
L2-6 150 východní Afrika
L0 150 východní Afrika
L1 140 Střední Afrika
L3-6 130
L5 120
L2 90
L3 70 východní Afrika
N. 70 Východní Afrika nebo západní Asie
M 60 Východní Afrika, západní Asie nebo jižní Asie
R. 60
U 55 Severovýchodní Afrika nebo Indie (jižní Asie)
RT'JT 55 střední východ
JT 50 střední východ
U8 50 Západní Asii
R9 47
B4 44
F 43
U4'9 42 Střední Asie
U5 35 Západní Asii
U6 35 Severní Afrika
J. 35
X 30
K 30
U5a 27
HV 27 Blízký východ
J1a 27 Blízký východ
T 27 Mezopotámie
K1 27
26
J1 24 Blízký východ
W 20
U4 20 Střední Asie
X2 20
H 20 Západní Asii
U5a1 18 Evropa
J1b 11
PROTI 14
X2a 13 Severní Amerika
H1 12
H3 12
X1 10

Geografická distribuce

Dokument z roku 2004 naznačil, že nejběžnější haploskupiny v moderní evropské populaci byly: H, J, K, N1, T, U4, U5, V, X a W.

Africké haploskupiny: L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6, T, U5a

Australské haploskupiny: M42a, M42c, M14, M15, Q, S, O, N, P. (odkazy 1, 2, 3, 4, 5, 6)

Asijské haploskupiny: F, C, W, M, D, N, K, U, T, A, B, C, Z, U mnoho číselných variant pro každou sekci

Viz také

Reference

  1. ^ Rishishwar L, Jordan IK (2017). „Důsledky lidské evoluce a příměsi pro mitochondriální substituční terapii“ . BMC genomika . 18 (1): 140. doi : 10,1186/s12864-017-3539-3 . PMC  5299762 . PMID  28178941 .
  2. ^ Loogvali, Eva-Liis; Kivisild, Toomas; Margus, Tõnu; Villems, Richard (2009), O'Rourke, Dennis (ed.), „Explaining the Imperfection of the Molecular Clock of Hominid Mitochondria“, PLOS ONE , 4 (12): e8260, Bibcode : 2009PLoSO ... 4.8260L , doi : 10.1371/journal.pone.000826060 , PMC  2794369 , PMID  20041137
  3. ^ Kivisild T (2015). „Mateřský původ a populační historie z celých mitochondriálních genomů“ . Investig Genet . 6 : 3. doi : 10,1186/s13323-015-0022-2 . PMC  4367903 . PMID  25798216 .
  4. ^ a b van Oven M, Kayser M (únor 2009). „Aktualizovaný komplexní fylogenetický strom globální variace lidské mitochondriální DNA“ . Lidská mutace . 30 (2): E386–94. doi : 10,1002/humu.20921 . PMID  18853457 . S2CID  27566749 .
  5. ^ "Oprava pro očištění výběru: Vylepšené lidské mitochondriální molekulární hodiny doplňkové" (PDF) . 2009: 82–83 [89]. Archivováno z originálu (PDF) dne 2009-12-29. Citační deník vyžaduje |journal=( nápověda )
  6. ^ Villems, Richard; Usanga, Esien; Mikerezi, Ilia; Gölge, Mukaddes; Claustres, Mireille; Michalodimitrakis, Emmanuel N .; Pappa, Kalliopi I .; Anagnou, Nicholas P .; Chaventré, André; Moisan, Jean-Paul; Richard, Christelle; Grechanina, Elena; Balanovská, Elena V .; Rudan, Pavao; Puzyrev, Valery; Stepanov, Vadim; Khusnutdinova, Elsa K .; Gusar, Vladislava; Balanovský, Oleg P .; Peričić, Marijana; Barać, Lovorka; Golubenko, Maria; Lunkina, Arina; Laos, Sirle; Pennarun, Erwan; Parik, Jüri; Tolk, Helle-Viivi; Reidla, Maere; Tambets, Kristiina; Metspalu, Ene; Kivisild, Toomas; Derenko, Miroslava V .; Malyarchuk, Boris A .; Roostalu, Urmas; Loogväli, Eva-Liis (1. listopadu 2004). „Rozporuplná uniformita: svrchní kladistické plátno mtDNA haploskupiny H v Eurasii“ . Molekulární biologie a evoluce . 21 (11): 2012–2021. doi : 10,1093/molbev/msh209 . PMID  15254257 - přes academy.oup.com .

externí odkazy

Fylogenetický strom haploskupin lidské mitochondriální DNA (mtDNA)

  Mitochondriální Eva ( L )    
L0 L1–6  
L1 L2   L3     L4 L5 L6
M N.  
CZ D E G Otázka   Ó A S R.   W X Y
C Z B F R0   před JT   P   U
HV JT K
H PROTI J. T