Ligase - Ligase
V biochemii , je ligáza je enzym , který může katalyzovat spojovací ( ligaci ) dvou velkých molekul vytvoření nové chemické vazby . Toto je typicky hydrolýzou malé závěsné chemické skupiny na jedné z větších molekul nebo enzymem katalyzujícím spojení dvou sloučenin, např. Enzymů, které katalyzují spojení CO, CS, CN atd. Obecně ligáza katalyzuje následující reakce:
- Ab + C → A – C + b
nebo někdy
- Ab + cD → A – D + b + c + d + e + f
kde malá písmena mohou znamenat malé závislé skupiny. Ligáza může spojit dva komplementární fragmenty nukleové kyseliny a opravit jednořetězcové zlomy, které vznikají ve dvouřetězcové DNA během replikace.
Nomenklatura
Běžné názvy ligáz často zahrnují slovo „ligáza“, jako je DNA ligáza , enzym běžně používaný v laboratořích molekulární biologie ke spojování fragmentů DNA . Mezi další běžné názvy ligáz patří slovo „syntetáza“, protože se používají k syntéze nových molekul.
Biochemická nomenklatura někdy odlišuje syntetázy od syntáz a někdy s nimi zachází jako se synonymy . Pod jednou definice syntázy nemají využívat energii z nukleosidtrifosfátů (například ATP, GTP, CTP, TTP a UTP), zatímco syntetázy dělat použití nukleosidtrifosfáty. Říká se také, že syntáza je lyáza (lyáza je enzym, který katalyzuje štěpení různých chemických vazeb jinými způsoby než hydrolýzou a oxidací, často tvoří novou dvojnou vazbu nebo novou strukturu kruhu) a nevyžaduje žádnou energii , zatímco syntetáza je ligáza (ligáza je enzym, který váže dvě chemikálie nebo sloučeniny), a proto vyžaduje energii. Nicméně, společná Komise pro biochemickou nomenklaturu (JCBN) diktuje, že „syntáza“ může být použit s jakýmkoliv enzymem, který katalyzuje syntézu (též používá nukleosidtrifosfáty), zatímco „syntetázy“ se používají jako synonyma.
Klasifikace
Ligázy jsou klasifikovány jako EC 6 v EC číselné klasifikaci enzymů. Ligázy lze dále rozdělit do šesti podtříd:
- EC 6.1 zahrnuje ligázy používané k vytváření vazeb uhlík-kyslík
- EC 6.2 zahrnuje ligázy používané k vytváření vazeb uhlík-síra
- EC 6.3 zahrnuje ligázy používané k vytváření vazeb uhlík-dusík (včetně argininosukcinát syntetázy )
- EC 6.4 zahrnuje ligázy používané k vytváření vazeb uhlík-uhlík
- EC 6.5 zahrnuje ligázy používané k vytvoření esterových vazeb fosforečné
- EC 6.6 zahrnuje ligázy používané k vytváření vazeb dusík-kov, jako v chelatázách
Membránové ligázy
Některé ligázy se sdružují s biologickými membránami jako proteiny periferních membrán nebo jsou ukotveny v jedné transmembránové šroubovici , například určité proteiny související s ubikvitinovou ligázou .
Etymologie a výslovnost
Slovo ligáza použití kombinací formy z lig- (z latinského slovesa ligāre , „vázat“ nebo „pro propojení“) + -ase (označuje enzym), čímž se získá „vazba enzym“.
Viz také
Reference
- EC 6 Úvod z katedry chemie na Queen Mary, University of London
