McDonnell Genome Institute - McDonnell Genome Institute

Umístění institutu McDonnell Genome Institute

McDonnell Genome Institute ( The Elizabeth H. and James S. McDonnell III Genome Institute ) na Washington University v St. Louis , Missouri , je jedním ze tří NIH financovaných rozsáhlých sekvenčních center ve Spojených státech . McDonnell Genome Institute, přidružený k Washington University School of Medicine a Alvin J. Siteman Cancer Center , vytváří, testuje a implementuje nové přístupy ke studiu genomiky s cílem porozumět lidskému zdraví a nemocem, stejně jako evoluci a biologii jiných organismů.

Dějiny

Založený v roce 1993, McDonnell Genome Institute, dříve Genome Sequencing Center a The Genome Institute, začal jako klíčový hráč v projektu Human Genome Project a nakonec přispěl více než 25 procenty hotové sekvence. Po dokončení pracovního návrhu lidského genomu v roce 2000 a dokončené sekvence lidského genomu v roce 2003 McDonnell Genome Institute obrátil své schopnosti sekvenování a analýzy k určení genomů mnoha dalších organismů s cílem poskytnout první referenční sekvence pro tyto druhy . V roce 2014 se občanští vůdci a dlouholetí filantropové Elizabeth H. a James S. McDonnell III zavázali 25 milionů $ na The Genome Institute, který byl přejmenován na Elizabeth H. a James S. McDonnell III Genome Institute na Washington University.

Projekty

• Atlas rakovinového genomu porovnává sekvence DNA dospělých pacientů s rakovinou a jejich nádorů, aby identifikoval genetické změny důležité pro rakovinu.
• Projekt lidského mikrobiomu sekvenuje genomy mikrobů podílejících se na lidském zdraví a nemocech.
• Projekt 1000 genomů usiluje o katalogizaci nesmírné lidské variace zapsané do genetického kódu.
• Washington University Cancer Genome Initiative poskytuje sekvenování stovek nádorových a normálních genomů vzorků.
• Projekt pediatrického genomu rakoviny je spolupráce s Dětskou výzkumnou nemocnicí St. Jude za účelem identifikace genetických změn, které vedou k některým z nejsmrtelnějších dětských rakovin na světě.
• Lékařské sekvenování se zaměřuje na sekvence z nemocí, jako jsou metabolické syndromy a poruchy související se zrakem, aby pomohly individualizovat léčbu pacientů.

Personál

McDonnell Genome Institute zaměstnává přes 300 fakult na plný úvazek a zaměstnance z různých oborů. Mezi hlavní zaměstnance patří:

Jeffrey Milbrandt , MD, PhD: Dr. Milbrandt je výkonným ředitelem McDonnell Genome Institute.

Činnosti

Opakované sekvenování celého genomu : Skupina pro opakované sekvenování celého genomu se zaměřuje na vývoj a optimalizaci příjmu vzorků, sekvenování produkce a potrubí pro sekvenční analýzu pro genomický výzkum lidských nemocí, s hlavním důrazem na rakovinu.

Shromáždění De Novo: De Novo Assembly Group je odpovědná za odebrání sekvenovaných kousků genomů různých druhů a jejich spojování co nejplynuleji a nejpřesněji.

Mikrobiální genomika: Skupina mikrobiální genomiky představuje řadu aktivit od sekvenování jednotlivých bakterií přes populační genomické studie mikrobiálních druhů až po analýzu komplexních metagenomických vzorků.

Cílené opětovné sekvenování: Cílené opětovné sekvenování seskupuje specifické oblasti genomů pomocí několika různých metod, včetně PCR a hybridních selekčních technik.

Transkriptomy: Skupina transkriptomů pracuje na různých aspektech sekvenování a analýzy transkriptomů na základě sekvenování RNA nové generace.

Data

McDonnell Genome Institute zpřístupňuje veškerá sekvenční data výzkumné komunitě, dokud nebude provedena příslušná analýza kvality. Některé z těchto údajů jsou předběžné a podléhají opomenutím a chybám. Data se také mění na základě dostupnosti nových dat a verzí sestavení.

Podle zásad uvolňování dat NHGRI musí všichni uživatelé uznat McDonnell Genome Institute jako zdroj dat.

Dosah

Oddělení terénního výzkumu McDonnell Genome Institute bylo založeno v roce 2003 jako reakce na menšinový akční plán Národního institutu pro výzkum genomu . Od svého založení Outreach provozuje aktivity, které slouží ke vzdělávání studentů K-12 a široké komunity ohledně genomiky a role, kterou v této oblasti hraje McDonnell Genome Institute. Outreach hostil tisíce patronů prostřednictvím prohlídek, prezentací, vědeckých veletrhů a různých návštěv mimo místo. Oddělení zavedlo Příležitosti ve výzkumu genomiky, jejichž účelem je zvýšit počet nedostatečně zastoupených menšin, které získají doktorské tituly v oblasti genomiky / genetiky. V rámci OGR byly implementovány dva programy, které poskytují výzkumné příležitosti pro vysokoškoláky (vysokoškoláci) a čerstvé absolventy vysokých škol (rozsáhlé studium).

Zařízení

McDonnell Genome Institute se nachází v kampusu Washington University School of Medicine v St. Louis, Missouri, na 4444 Forest Park Avenue. Je přístupný metrolinkem (Central West End Station).

McDonnell Genome Institute má samostatné datové centrum umístěné přes ulici na 222 Newstead Avenue. Datové centrum o rozloze 20 milionů dolarů a 16 000 čtverečních stop bylo postaveno s plně redundantními napájecími a chladicími systémy schopnými pojmout více než 100 stojanů výpočetních a úložných systémů s vysokou hustotou.

Datové centrum McDonnell Genome Institute je první „zelenou“ budovou v areálu School of Medicine a získala ocenění Leadership in Energy and Environmental Design (LEED) od americké rady pro zelené budovy . V datovém centru je také zastřešená serverovna o rozloze 110 m ² vybavená zdviženými podlahami, redundantním napájením a chlazením.

Reference

externí odkazy

• Oficiální webové stránky

Souřadnice : 38 ° 38'13,7 "N 90 ° 15'24,8" W  /  38,637139 ° N 90,256889 ° W  / 38,637139; -90,256889