Nucleocytoviricota -Nucleocytoviricota

Nucleocytoviricota
Klasifikace virů E
(nezařazeno): Virus
Říše : Varidnaviria
Království: Bamfordvirae
Kmen: Nucleocytoviricota
Třídy

Viz text

Synonyma

Megavirales

Nucleocytoviricota je kmen virů . Členové kmene jsou také známí jako nukleocytoplazmatické velké DNA viry ( NCLDV ), které slouží jako základ názvu kmene s příponou - viricota pro virový kmen. Tyto viry jsou označovány jako nukleocytoplazmatické, protože se často dokážou replikovat jak v jádru buňky hostitele,tak v cytoplazmě .

Kmen je pozoruhodný tím, že obsahuje obří viry . Existuje devět rodin NCLDV, které všechny sdílejí určité genomové a strukturální charakteristiky; není však jisté, zda podobnosti různých rodin této skupiny mají společného virového předka. Jedním rysem této skupiny je velký genom a přítomnost mnoha genů, podílejících se na opravě DNA , DNA replikace , transkripce a translace . Viry s menšími genomy obvykle neobsahují geny pro tyto procesy. Většina virů v této rodině také replikovat jak v hostitelské jádra a cytoplazmy , tak jméno nucleocytoplasmic.

V současné době je rozpoznáváno 47 základních genů NCLDV. Patří sem čtyři klíčové proteiny zapojené do replikace a opravy DNA: enzymy DNA polymerázy rodiny B, topoizomeráza II A, endonukleáza FLAP a jaderný antigen buněčného proliferujícího faktoru . Mezi další proteiny patří DNA polymeráza II závislá na DNA a transkripční faktor II B.

Taxonomie

Jsou uznávány následující třídy, v rámci kterých jsou objednávky, které obsahují rodiny uvedené v tomto článku:

Nerozpoznané rodiny jsou umístěny v závorkách a umístěny na nejpravděpodobnějším místě.

Hostitelé

Hostitelské organismy obvykle zahrnují prvoci , bezobratlé a eukaryotické řasy .

Fylogenetický strom kmene Nucleocytoviricota na bázi Subramaniam et al. (2020).

Příklady

Ascoviridae

Objednat Pimascovirales . Členové rodiny Ascoviridae mají různé tvary. Některé mohou mít tyčový tvar, jiné jsou oválné. Měří až 130 nm na šířku a 400 nm na délku. Tyto viry mají kruhovou dvouvláknovou DNA, která má délku asi 100–200 kilobázových párů. Infikují larvy hmyzu lepidopteranů a mohou se nakazit prostřednictvím parazitoidních vos. Jakmile se nakazí, replikují se a způsobí smrt hmyzích škůdců. To jim umožňuje kontrolovat populace hmyzu. Ascoviridae může mít ve svém genomu až 180 genů. Replikace tohoto viru probíhá v jádru hostitelské buňky. Když se replikuje, způsobí zvětšení jádra a nakonec prasknutí. Poté se virion začne formovat a šířit.

Asfarviridae

Objednat Asfuvirales . Člen rodiny Asfarviridae je známý jako asfarvirus. Tento virus je původcem afrického moru prasat. Mezi příznaky této chřipky patří horečka, zrychlený tep, zrychlené dýchání a může způsobit smrt. Tyto příznaky mohou být podobné těm z prasečí cholery, rozdíl je v tom, že africkou prasečí chřipku nelze vyléčit. Pro boj s tímto virem není vyvinuta žádná vakcína.

Iridoviridae

Objednat Pimascovirales . Iridoviridae mají lineární dvouřetězcové DNA genomy až 220 kilobází dlouhý a může kód asi 211 proteinů. Capsid tohoto virionu má ikosahedrální tvar a může být široký až 350 nm. Cyklus replikace tohoto viru začíná v jádru hostitele a končí v cytoplazmě. Některé viry z této čeledi se často nacházejí u infekčních obojživelníků, jiné u hmyzu a korýšů.

Marseilleviridae

Objednat Pimascovirales . Tyto Marseilleviridae viry dvouřetězcové DNA genomu, které jsou asi 368 kilobází dlouhý. Členové rodiny mohou mít v genomu asi 457 otevřených čtecích rámců (ORF). Hostitelské organismy jsou améby . Jakmile se nakazí, replikace viru probíhá ve virových továrnách v cytoplazmě. Bylo zjištěno, že genom rodiny Marseilleviridae kóduje asi 28 různých proteinů. Kapsid marseilleviru je široký asi 250 nm s geometrickým tvarem ikosahedrálního. K replikaci tohoto viru obvykle dochází v blízkosti jádra, jakmile infikuje amébu. Jakmile virus nakazí, může způsobit změnu tvaru v jádru hostitele.

Mimiviridae

Objednat Imitervirales . Megaviridae obsahuje jedny z největších virů vůbec objevil. Mají lineární dvouvláknové genomy DNA s délkou 1 259 197 párů bází, což je větší než některé malé bakterie. V tomto genomu je kódováno 1 100 proteinů. 74,76% párů bází představuje thymin a adenin. Megaviridae Virus lze nalézt infekční Acanthamoeba nebo jiné prvoky clades. Jakmile virus nakazí hostitele, proběhne v cytoplazmě replikační cyklus. V genomu se nacházejí enzymy opravující DNA. Používají se v případě poškození DNA, například když je vystavena ionizujícímu záření nebo UV záření.

Tradičně pouze tyto viry byly seskupeny do čeledi Mimiviridae . Později se ukázalo, že viry skupiny Organic Lake Phycodna Group ( OLPG ) souvisí více s Mimiviry než s Phycodnaviry . Z tohoto důvodu bylo navrženo jejich přidání do starších Mimiviridae jako nové podčeledi Mesomimivirinae, aby se vytvořila komplexnější rodina Megaviridae . Z tohoto důvodu byl termín Mimiviridae používán sensu lato synonymem pro Megaviridae . Jelikož však ICTV vytvořil nový řád Imitervirales oficiálně obsahující (starší) Mimiviridae , navrhují se navrhované Mesomimivirinae upgradovat jako nová rodina Mesomimiviridae , tzn. E. jako sesterská rodina dědictví Mimiviridae (v tomto pořadí).

Pandoraviridae

Případně objednat Algavirales . Pandoraviridae Objeveno v roce 2013 ze vzorku pobřežní vody v Chile. Většinou je infikován amébami. Má délku 1 mikrometr dlouhý a 0,5 mikrometr široký. Jeho genom může být dlouhý až 2,5 milionu párů bází. Replikace tohoto viru probíhá v cytoplazmě. Stejně jako ostatní obří viry ovlivňuje jádro hostitele a může trvat až 15 hodin, než začne infikovat. Přestože se nachází ve vodě, neovlivňuje člověka, ve skutečnosti nám může pomoci zvýšením produkce kyslíku ve vodním prostředí. 

Phycodnaviridae

Objednat Algavirales . Phycodnaviridae jsou ikosahedrální tvar s molekulou dvouřetězcové DNA. Někteří členové této rodiny mohou mít lineární dvouvláknovou DNA, zatímco jiní mají kruhovou dvouvláknovou DNA. Bylo zjištěno, že genom je dlouhý až 560 kilobází. Až 50% DNA může představovat guanin nebo cytosin. Je známo, že tento virus infikuje řasy, což znamená, že se nachází v oceánu.

Pithoviridae

Případně objednat Pimascovirales . Pithoviridae mají pouze dva známí zástupci. Tyto viry infikují améby a mohou přežít při nízkých teplotách. Věřilo se, že tento virus byl zmrazený, ale kvůli změně klimatu se začal znovu objevovat. Jedná se o dvouvláknový DNA virus o velikosti 610 kilobází. Odhaduje se, že genom kóduje 476 otevřených čtecích rámců. Viron má tyčový tvar o délce 1100 nm a průměru 500 nm.

Poxviridae

Objednat Chitovirales . Poxviridae mají lineární molekuly DNA s dvojitým řetězcem, které mohou mít délku až 230 kilobází. Replikace těchto virů probíhá v cytoplazmě. Neštovice , kravské neštovice a další viry neštovic patří do této rodiny. 

Mininucleoviridae

Mapy genomu korýšových virů PaV1, DhV1 a CmV1 (navrhovaná rodina Mininucleoviridae ).

Případně objednat Pimascovirales . Byla navržena nová rodina - Mininucleoviridae - pro rodinu velkých virů, které se replikují v korýši. Mezi členy této navrhované rodiny patří virus Carcinus maenas 1 (CmV1), virus Dikerogammarus haemobaphes virus 1 (DhV1) a virus Panulirus argus 1 (PaV1).

Neklasifikované taxony

  • Cedratvirus - nyní pod Pithoviridae ( Pimascovirales )
  • Choanovirus - část rozšířených Mimiviridae , kladu odlišného od vlastního Mimiviridae ; ( Imitervirales )
  • Dinodnavirus - pravděpodobně pod Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Faustovirus - nyní pod Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Kaumoebavirus - klastry pod Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Medusavirus - navržen jako vlastní rodina Medusaviridae , pravděpodobně blízký Molliviru nebo bazální v Nucleocytoviricota
  • Meelsvirus  - nejsou k dispozici žádné sekvence
  • Mollivirus - blízko Pandoraviru ( Algavirales )
  • Namao virus - (společně s Faunusvirus sp. Z metagenomiky) blízký Cafeteriavirus ; případně společně s dalšími Sturgeon-NCLDV; ( Imitervirales )
  • Orpheovirus - pravděpodobně pod Pithoviridae ; sesterská skupina Cedratvirus ( Pimascovirales )
  • Pacmanvirus - pravděpodobně pod Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Platanovirus - podobný Megavirus nebo Tupanvirus ( Imitervirales )
  • Sissivirus a Misannotatedvirus - (společně s Solumnvirus , Solivirus z metagenomiky) pravděpodobně pod Pithoviridae
  • Tupanvirus - pravděpodobně pod Mimiviridae ( Imitervirales )
  • Urceolovirus - možná pod Nucleocytoviricota
  • Usurpativirus a Clandestinovirus - clade pravděpodobně pod Phyvodnaviridae poblíž Chlorovirus ( Algavirales )
  • Yasminevirus - blízký viru Klosneuvirus a Bodo saltans ; (společně s Gaeavirus , Homavirus , Barrevirus , Fadolivirus , Dasosvirus , Edafovirus , Terrestrivirus , Harvfovirus , Hyperionvirus z metagenomiky) členové Mimiviridae ( Imitervirales )

Fylogenetika

Obecná shoda je v tom, že Iridoviridae - Ascoviridae jsou úzce příbuzné sesterské taxony v kladu. Pithovirus , Iridoviridae - Ascoviridae a Marseillevirus tvoří kladu PIM nebo MAPI ( Pimascovirales ) na stromech postavených z konzervovaných proteinů. Sesterský kladu PIM / MAPI je kladu vytvořenou z Algavirales ( Phycodnaviridae , Pandoraviridae ) a případně Imitervirales / Mimiviridae (poté "P2"). Poxviridae je důsledně považována za bazální větev. Asfarviridae je buď sesterská skupina Poxviridae (budování Pokkesviricetes ) nebo člen klanu P2. Klasifikace ICTV od roku 2019 odpovídá obecnému tvaru stromu.

Původ NCLDV může předcházet původu jejich eukaryotických hostitelů, soudě podle jejich struktur RNA polymerázy .

Viz také

Poznámky

Reference

externí odkazy