Soubor Nexus - Nexus file

Rozšiřitelný formát souboru NEXUS je široce používán v bioinformatice . Ukládá informace o taxonomech, morfologických a molekulárních znacích, vzdálenostech, genetických kódech, předpokladech, sadách, stromech atd. Tento formát používá několik populárních fylogenetických programů, jako jsou PAUP * , MrBayes , Mesquite, MacClade a SplitsTree .

Syntax

Soubor NEXUS je vytvořen z pevné hlavičky #NEXUS následované několika bloky. Každý blok začíná BEGIN block_name; a končí END; . Klíčová slova nerozlišují velká a malá písmena. Komentáře jsou uzavřeny v hranatých závorkách [...] .

Existuje několik předdefinovaných názvů bloků pro běžné typy dat. Mezi příklady patří:

Blok TAXA

Blok TAXA obsahuje informace o taxonomech.

DATA blok

Blok DATA obsahuje datovou matici (např. Zarovnání sekvence).

Blok TREES

Blok TREES obsahuje fylogenetické stromy popsané pomocí Newickova formátu , např . ((A,B),C); :

Následující příklad používá výše uvedené tři typy bloků:

#NEXUS
Begin TAXA;
  Dimensions ntax=4;
  TaxLabels SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf
End;

Begin data;
  Dimensions nchar=15;
  Format datatype=dna missing=? gap=- matchchar=.;
  Matrix
    [ When a position is a "matchchar", it means that it is the same as the first entry at the same position. ]
    SpaceDog   atgctagctagctcg
    SpaceCat   ......??...-.a.
    SpaceOrc   ...t.......-.g. [ same as atgttagctag-tgg ]
    SpaceElf   ...t.......-.a.           
  ;
End;

BEGIN TREES;
  Tree tree1 = (((SpaceDog,SpaceCat),SpaceOrc,SpaceElf));
END;

Viz také

• Newick formát
• Formát NeXML
• phyloXML

Reference

externí odkazy

• Formát souboru NEXUS - podrobné vysvětlení s mnoha příklady
• Formát NEXUS - dobrý popis formátu a jeho použití v terénu
• Převodník Nexus na phyloXML
• NeXML
• Převodník Nexus na Fasta