Omezení - Restriction site
Restrikční místa nebo restrikční rozpoznávací místa jsou umístěna na molekule DNA obsahující specifické (4 až 8 párů bází dlouhé) sekvence nukleotidů , které jsou rozpoznávány restrikčními enzymy . Obvykle se jedná o palindromické sekvence (protože restrikční enzymy se obvykle váží jako homodimery ) a konkrétní restrikční enzym může sekvenci mezi dvěma nukleotidy v rámci svého rozpoznávacího místa nebo někde poblíž rozřezat.
Funkce
Například běžný restrikční enzym EcoRI rozpoznává palindromickou sekvenci GAATTC a štěpí mezi G a A na horním i dolním řetězci. To zanechává přesah (koncová část řetězce DNA bez připojeného komplementu) známou jako lepkavý konec na každém konci AATT. Přesah lze poté použít k ligaci (viz DNA ligáza ) kousku DNA s doplňkovým přesahem (například další kousek řezaný EcoRI).
Některé restrikční enzymy štěpí DNA v restrikčním místě způsobem, který nezanechává žádný převis, který se nazývá tupý konec. Tupé konce jsou mnohem méně pravděpodobné, že budou ligovány DNA ligázou, protože tupý konec nemá převislý pár bází, který může enzym rozpoznat a porovnat s komplementárním párem. Lepkavé konce DNA se však s větší pravděpodobností úspěšně váží pomocí DNA ligázy kvůli exponovaným a nepárovým nukleotidům. Například lepivý konec vlečený za AATTG se pravděpodobněji váže s ligázou než tupý konec, kde jsou spárovány jak 5 ', tak 3' řetězce DNA. V případě příkladu by AATTG měla komplementární pár TTAAC, který by snížil funkčnost enzymu DNA ligázy.
Aplikace
Restrikční místa lze použít pro více aplikací v molekulární biologii, jako je identifikace polymorfismů délky restrikčních fragmentů ( RFLP ).
Databáze
Existuje několik databází pro restrikční weby a enzymy, z nichž největší nekomerční databází je REBASE. Nedávno se ukázalo, že statisticky významné nullomery (tj. Krátké chybějící motivy, u nichž se vysoce očekává, že budou existovat) ve viromových genomech jsou restrikčními místy, což naznačuje, že viry se pravděpodobně těchto motivů zbavily, aby usnadnily invazi bakteriálních hostitelů. Databáze Nullomers obsahuje komplexní katalog minimálních chybějících motivů, z nichž mnohé mohou být potenciálně neznámými omezujícími motivy.