Prvek SECIS - SECIS element
Sekvence inzerce selenenocysteinu 1 | |
---|---|
Předpokládaná sekundární struktura a zachování sekvence SECIS_1. Dopisy odpovídají notačnímu systému IUPAC pro nukleotidy.
| |
Identifikátory | |
Symbol | SECIS_1 |
Alt. Symboly | SECIS |
Rfam | RF00031 |
Další údaje | |
Typ RNA | Cis-reg |
Domény | Eukaryota |
JÍT | 0001514 |
TAK | 1001274 |
Struktury PDB | PDBe |
V biologii se SECIS prvek (SECIS: se perlinkové c ysteine i nsertion s QUENCE ) je RNA prvek kolem 60 nukleotidů v délce, která přijímá kmenových smyčky strukturu. Tento strukturální motiv (vzor nukleotidů) směruje buňku k překladu kodonů UGA jako selenocysteinů (UGA je obvykle stop kodon ). Prvky SECIS jsou tedy základním aspektem messengerových RNA kódujících selenoproteiny , proteiny, které obsahují jeden nebo více selenocysteinových zbytků.
U bakterií se prvek SECIS objeví brzy po kodonu UGA, který ovlivňuje. V archea a eukaryotech , se vyskytuje ve 3' UTR z k mRNA , a mohou způsobovat více UGA kodonů v rámci mRNA kódu selenocysteine. Jeden archaeal SECIS prvek, Methanococcus , se nachází v 5' UTR .
Zdá se, že prvek SECIS je definován charakteristikami sekvence, tj. Konkrétní nukleotidy mají tendenci být v určitých pozicích v něm a charakteristickou sekundární strukturou . Sekundární struktura je výsledkem párování bází komplementárních RNA nukleotidů a způsobuje strukturu podobnou vlásence. Eukaryotický prvek SECIS zahrnuje nekanonické páry bází AG, které jsou v přírodě neobvyklé, ale jsou kriticky důležité pro správnou funkci prvku SECIS. Ačkoli eukaryotické, archaální a bakteriální prvky SECIS mají každý obecnou vlásenkovou strukturu, nelze je sladit, např. Schéma založené na zarovnání k rozpoznání eukaryotických prvků SECIS nebude schopno rozpoznat archaické prvky SECIS. Nicméně, v Lokiarcheota , SECIS prvky jsou podobnější eukaryotických prvky.
V bioinformatice bylo vytvořeno několik počítačových programů, které hledají prvky SECIS v sekvenci genomu na základě sekvenčních a sekundárních strukturních charakteristik prvků SECIS. Tyto programy byly použity při hledání nových selenoproteinů.
Distribuce druhů
Prvek SECIS se nachází v široké škále organismů ze všech tří domén života (včetně jejich virů).