Y -STR - Y-STR

Sazba STR se pohybuje od roku 2008 pro 16 Y - STR
STR
stránky		 Rychlost mutace (x 10 −3 )
LB-96%CI 'hodnotit' UB-96%CI Poznámky
DYS19 1.5 2.4 3.5 23 z 9658
DYS385 1.4 2.1 3,0 31 z 14896
DYS389I 0,95 1,8 3,0 14 z 7862
DYS389II 1,8 2.8 4.2 22 z 7849
DYS390 1.4 2.3 3.5 21 z 9140
DYS391 2.0 3,0 4.5 28 z 9089
DYS392 0,18 0,55 1.3 5 z 9053
DYS393 0,36 0,89 1,8 7 z 7842
DYS437 0,60 1.5 3.1 7 z 4672
DYS438 0,051 0,43 1.5 2 z 4709
DYS439 3.8 5.7 8.4 27 z 4686
DYS448 0,19 1.6 5.7 2 z 1258
DYS456 1,8 4.8 10 6 z 1258
DYS458 2.8 6.4 12 8 z 1258
DYS635 1.6 3.8 7.4 8 z 2131
GATA H4.1 0,71 2.2 5.1 5 z 2294
Z tabulky 1. Sanchez-Diz et al. 2008.
Všimněte si, že některé z N v 17 STR mají poměrně nízkou frekvenci

Y-STR je short tandem repeat (STR) na chromozomu Y . Y-STR se často používají v kriminalistice , otcovství a genealogickém testování DNA . Y-STR jsou odebírány specificky z mužského chromozomu Y. Tyto Y-STR poskytují slabší analýzu než autozomální STR, protože chromozom Y se nachází pouze u mužů, které jsou předávány pouze otcem, takže chromozom Y v jakékoli otcovské linii je prakticky identický. To způsobí výrazně menší rozdíl mezi vzorky Y-STR. Autosomální STR poskytují mnohem silnější analytickou sílu díky náhodnému párování, ke kterému dochází mezi páry chromozomů během procesu tvorby zygoty.

Nomenklatura

Y-STR přiřazuje názvy výbor pro HUGO genovou nomenklaturu (HGNC).

Některé testovací společnosti mají pro zápis značek STR různé formáty. Například marker DYS455 může být zapsán jako DYS455, DYS 455, DYS# 455 nebo DYS# 455. Vědecký standard přijímaný společnostmi HUGO a NIST je DYS455.

DYS

DYS je obměnou žargonu používaného v lidském autosomálním testování STR, kde je druhý znak obvykle vyhrazen pro počet chromozomů (např. D8S1179).

D = DNA
Y = Y-chromozom
S = (jedinečný) segment

Y-STR analýza

Existují oblasti DNA, které jsou tvořeny více kopiemi krátkých opakujících se sekvencí bází (například TATT), které se opakují různě často v závislosti na jednotlivci. Na tyto oblasti, nazývané „krátká tandemová opakování s proměnným počtem“, se při provádění analýzy STR dívá. Pravděpodobnost, že dva lidé budou mít stejný počet opakovaných sekvencí, je extrémně malá a ještě více se zmenší, čím více analyzovaných oblastí. To tvoří základ analýzy krátkého tandemového opakování. Základním kamenem tohoto procesu je však polymerázová řetězová reakce (PCR). To umožňuje forenzním vědcům vytvářet miliony kopií regionů STR. Gelová elektroforéza pak „získá počet výskytů každé opakující se jednotky ve fragmentu“. To umožňuje snadné srovnání DNA.

STR a forenzní

Ve Spojených státech se používá 13 různých autozomálních lokusů STR jako základ analýzy pro forenzní účely. Pokud je DNA místa činu dostačující a všech 13 autozomálních lokusů přístupných, pravděpodobnost, že se dva nesouvisející lidé shodují se stejným vzorkem, je přibližně jedna ku jedné miliardě.

Základem pro odhad pravděpodobnosti profilu pro analýzu Y-STR je metoda počítání. Aplikace intervalu spolehlivosti zohledňuje velikost databáze a odchylky vzorkování. Frekvence haplotypu Y (p) se vypočítá pomocí vzorce p = x/N, kde x se rovná počtu případů, kdy je haplotyp pozorován v databázi obsahující N počet haplotypů. Pokud byl například haplotyp pozorován dvakrát v databázi N = 2000, frekvence tohoto haplotypu bude: 2/2000 = 0,001. Hlášení frekvence haplotypu Y bez intervalu spolehlivosti je přijatelné, ale poskytuje pouze faktické prohlášení týkající se pozorování haplotypu Y v databázi. Horní mez spolehlivosti pro pravděpodobnost haplotypu Y v populaci by měla být vypočítána pomocí metody popsané Clopperem a Pearsonem (1934). To používá binomické rozdělení pro pravděpodobnosti počtů, včetně nuly nebo jiných malých čísel, která se nacházejí pro haplotypy Y.

Databáze

Forenzní databáze (bez individuálních informací, pro frekvenční účely):

V genetické genealogii bývala Ysearch poslední sponzorovanou databází obsahující veřejně zadaná příjmení a haplotypy Y-STR až do jejího vyřazení 24. května 2018, což předcházelo o den implementaci Obecného nařízení o ochraně osobních údajů v Evropské unii , po prodlouženém období chybějící podpory od jeho tvůrce, DNA rodokmenu . Databáze byla založena v roce 2003 a před jejím ukončením dosáhla 219 tisíc záznamů (z toho 152 tisíc unikátních haplotypů). Jiné podobné databáze zmizely dříve.

Specifická data haploskupiny (Y-SNP):

Viz také

Reference

externí odkazy

Schémata

Informační listy

Databáze

Návody