Sezóna 1940–41 byla šestou sezónou Stoke City v nekonkurenční válečné lize.
V roce 1939 byla vyhlášena druhá světová válka a zrušena fotbalová liga . Na jejím místě byly vytvořeny válečné ligy a poháry, založené spíše na zeměpisných liniích než na předchozím umístění ligy. Žádný z nich však nebyl považován za soutěžní fotbal, a proto jejich záznamy fotbalová liga neuznává, a proto nejsou zahrnuty do oficiálních záznamů.
Vzhledem k tolika hráčům, kteří nemohli v pracovní dny odejít z armády, to klubu poskytlo skvělou příležitost postavit několik mladších hráčů, a když Stoke zahájil sezónu 1940–41 proti Notts County 31. srpna 1940, postavili stranu s průměrným věkem z 21. Několik klubů během sezóny nehrálo tolik zápasů jako ostatní a Stoke, hluboko pod síly a bez formy, připustil pozoruhodných 23 gólů za pouhé čtyři zápasy v prosinci a lednu.
Stokeho zadní linie se pravidelně propadala a třikrát za nimi bylo v Mansfieldu, Northamptonu a Walsallu vyhozeno sedm branek. Stoke skončil v této sezóně na 25. místě z celkových 34 regionálních lig na jihu, když o umístění v lize rozhodoval spíše bodový průměr než body jednoduše proto, že některé týmy nehrály tolik her jako jiné, např. Birmingham hrál 16 a Stoke 36.
Konečná ligová tabulka
Poznámka: Vzhledem k nekonzistentnímu počtu zápasů týmů v letech 1940–41 byly o pozicích rozhodovány průměrem branek.
Pat Bridges
Douglas Jones
Jock Kirton