Změna pravidla minulé sezóny spočívající v tom, že bylo možné současně hrát tři zámořské hráče na hřišti, byla pro sezónu 2009–10 změněna; jeden ze tří zámořských hráčů již musel reprezentovat Japonsko, být v současné době způsobilý reprezentovat Japonsko nebo být způsobilý reprezentovat Japonsko v budoucnu.
Týmy smějí postavit jednoho hráče z Asijského rugbyového svazu (ARFU) mimo výše uvedená omezení pro zámořské hráče. Tento asijský hráč mohl zastupovat jinou zemi na úrovních Test, A nebo Sevens, pokud je tato země členem Unie ARFU.
V minulé sezóně se nejlepších šest závodníků automaticky kvalifikovalo na národní šampionát; v této sezóně se však kvalifikují první čtyři, přičemž týmy, které se umístí na 5. až 10. místě, hrají o zbývající dva kvalifikátory Top League.
Čtyři body za výhru, dva za remízu, jeden bonusový bod za čtyři a více pokusů (BP1) a jeden bonusový bod za ztrátu o sedm nebo méně (BP2).
Pokud jsou týmy v jakékoli fázi na stejné úrovni, tiebreakery se použijí v tomto pořadí:
• Rozdíl mezi body pro a proti
• Celkový počet bodů za
• Počet vyhraných zápasů
• Celkový počet bodů získaných v zápasech mezi remízovými týmy
• Počet vyhraných zápasů kromě prvního zápasu, poté druhého a tak dále, dokud není vyrovnána remíza
Nejlepší čtyři strany základní části soutěžily o mistrovství nejvyšší ligy (play-off nebylo pro sezónu 2009–10 sponzorováno). Soutěžily týmy Toshiba Brave Lupus, Sanyo Wild Knights, Toyota Verblitz a Suntory Sungoliath.
Týmy nejvyšší ligy se umístily na 7. a 10. místě play-off o právo setkat se s týmem nejvyšší ligy na 5. místě ve druhém kole. Týmy první ligy se umístily na 8. a 9. místě play-off o právo setkat se s týmem první ligy na druhém místě ve druhém kole.
Coca-Cola West Red Sparks a NEC tedy postoupily do druhého kola.
Druhé kolo
Tým nejvyšší ligy se umístil na 5. místě play-off proti vítězi týmů na 7. a 10. místě a tým nejvyšší ligy na 6. místě play-off proti vítězi týmů na 8. a 9. místě. Oba vítězné týmy druhého kola postoupily do All-Japan Rugby Football Championship.
Kobe a NEC tedy postoupili do All-Japan Rugby Football Championship.
Byly odehrány dva zápasy o postup / sestup (Irekaesen) . Tým Top League se umístil na 12. místě play-off proti týmu Challenge 1 na 3. místě a tým Top League na 11. místě play-off proti týmu Challenge 2 na 1. místě. Vítězové byli zařazeni do nejvyšší ligy pro následující sezónu.