HFQ vazebná sRNA - Hfq binding sRNA
| isrA Hfq vázající RNA | |
|---|---|
 Předpokládaná sekundární struktura isrA Hfq vázající RNA
| |
| Identifikátory | |
| Symbol | isrA |
| Rfam | RF01385 |
| Další údaje | |
| Typ RNA | gen , sRNA |
| Domény | Enterobacteriaceae |
| Struktury PDB | PDBe |
Hfq vazba sRNA je sRNA že váže bakteriální vázající RNA protein nazvaný Hfq . Byla charakterizována řada malých bakteriálních RNA, které se vážou na Hfq (viz seznam). Mnoho z těchto RNA sdílí podobnou strukturu složenou ze tří kmenových smyček . Několik studií rozšířilo tento seznam a experimentálně potvrdilo celkem 64 Hfq vazebné sRNA u Salmonella Typhimurium . Celá transkriptomová studie vazebných míst Hfq u Salmonella mapovalo 126 Hfq vazebných míst v sRNA. Genomic SELEX byl použit k prokázání, že Hfq vázající RNA jsou obohaceny o sekvenční motiv 5'-AAYAAYAA-3 '. Celá studie genomu identifikovala 40 kandidátních sfNA závislých na Hfq v rostlinném patogenu Erwinia amylovora . 12 z nich bylo potvrzeno Northern blotem.
Bakteriální HFQ vázající sRNA
- DicF RNA
- DsrA RNA
- FnrS RNA
- GadY RNA
- GcvB RNA
- IsrJ RNA
- MicA RNA / SraD RNA
- MicC RNA
- MicF RNA
- OmrA RNA / OmrB RNA / RygA RNA / RygB RNA / SraE RNA
- OxyS RNA
- Qrr RNA
- RmA RNA
- RprA RNA
- RybB RNA
- RydC RNA
- RyeB RNA
- CyaR RNA
- RyeF
- RyhB RNA
- SgrS RNA
- Spot 42 RNA
- SraH RNA
- SraJ RNA
- SroB RNA / MicM RNA / RybC
- SroC RNA
Reference
Další čtení
- De Lay, N .; Schu, DJ; Gottesman, S. (2013). „Bakteriální negativní regulace na bázi malé RNA: Hfq a její komplici“ . Journal of Biological Chemistry . 288 (12): 7996–8003. doi : 10,1074 / jbc.R112.441386 . PMC 3605619 . PMID 23362267 .
- Peng, Y .; Soper, TJ; Woodson, SA (2013). "Poziční účinky motivů AAN v regulaci rpoS pomocí sRNA a Hfq" . Journal of Molecular Biology . 426 (2): 275–285. doi : 10.1016 / j.jmb.2013.08.026 . PMC 3947347 . PMID 24051417 .
externí odkazy
 |
Tento článek o molekulární nebo buněčné biologii je útržek . Wikipedii můžete pomoci rozšířením . |