Jim Kent - Jim Kent
Jim Kent | |
---|---|
narozený |
|
10.02.1960
Národnost | Spojené státy |
Alma mater | Kalifornská univerzita, Santa Cruz |
Ocenění |
Overtonova cena Benjamin Franklin Award (bioinformatika) |
Vědecká kariéra | |
Teze | Oprava a malování pracovního konceptu lidského genomu (2002) |
Doktorský poradce | Alan M Zahler |
Další akademičtí poradci | David Haussler |
webová stránka | www |
William James Kent (narozen 10. února 1960) je americký vědecký pracovník a počítačový programátor . Byl přispěvatelem do projektů genomové databáze a vítězem Ceny Benjamina Franklina za rok 2003 .
Raný život
Kent se narodil na Havaji a vyrostl v San Francisku v Kalifornii , Spojené státy americké .
Počítačová animace
Kent zahájil svoji programátorskou kariéru v roce 1983 ve společnosti Island Graphics Inc., kde napsal program Aegis Animator pro domácí počítač Amiga . Tento program kombinoval polygonové tweening ve 3D s jednoduchou 2D cel-based animací. V roce 1985 založil a provozoval softwarovou společnost Dancing Flame, která adaptovala Aegis Animator na Atari ST a vytvořila Cyber Paint pro tento stroj. Cyber Paint byl 2D animační program, který spojil širokou škálu funkcí animace a malování a formát animace komprimovaný do delty vyvinutý pro CAD-3D. Uživatel se mohl volně pohybovat mezi animačními rámečky a libovolně malovat, nebo využít různé animační nástroje k automatickému pohybu doplnění mezi snímky. Cyber Paint byl jedním z prvních, ne -li prvním, spotřebitelským programem, který uživateli umožnil malovat napříč časem v komprimovaném formátu digitálního videa. Později vyvinul podobný program, Autodesk Animator pro PC kompatibilní , kde se komprese obrazu zlepšila natolik, že bylo možné přehrávat z pevného disku, a člověk mohl malovat pomocí „inkoustů“, které prováděly algoritmické transformace, jako je vyhlazování, průhlednost a dlaždice vzory. Autodesk Animator byl použit k vytvoření kresby pro širokou škálu videoher.
Zapojení do projektu lidského genomu
V roce 2000 napsal program GigAssembler, který umožnil veřejně financovanému projektu lidského genomu sestavit a publikovat první sekvenci lidského genomu. Jeho úsilí bylo motivováno výzkumnými potřebami jeho a jeho kolegů, ale také z obavy, že by data mohla být patentována společností Celera Genomics . V těsném souboji se společností Celera Kent a profesor UCSC David Haussler rychle vybudovali skromný klastr 50 komoditních osobních počítačů s operačním systémem Linux pro spuštění softwaru. Naproti tomu Celera používala to, co se tehdy považovalo za jeden z nejmocnějších civilních superpočítačů na světě. Kentovo první shromáždění na lidském genomu bylo vydáno 22. června. Celera dokončila své shromáždění o tři dny později 25. června a dvojí výsledky byly oznámeny v Bílém domě 26. června 7. července 2000 byla provedena data ze Santa Cruz. veřejně dostupné na World Wide Web, zatímco výzkumný dokument popisující tento veřejně financovaný genom byl publikován v únoru 2001 ve zvláštním vydání Nature , souběžně s výsledky Celery v časopise Science . V roce 2002 Tim O'Reilly popsal Kentovu práci jako „nejvýznamnější dílo vývoje open source za poslední rok“. Zatímco veškerý genomický software společnosti Kent je open source v tom smyslu, že zdrojový kód lze stáhnout a číst zdarma a veškerý software lze volně používat pro akademické, neziskové a osobní účely, některé z nich vyžadují licenci , a to buď od UCSC nebo od Kent Informatics Inc., pro komerční použití.
Po GigAssembleru Kent pokračoval v psaní BLAT (nástroj pro zarovnání podobný BLAST) a UCSC Genome Browser, který pomáhá analyzovat důležitá data genomu. Kent nadále pracuje v UCSC především na webových nástrojích, které pomáhají porozumět lidskému genomu. Pomáhá udržovat a aktualizovat prohlížeč a pracoval na srovnávací genomice, Parasolu, softwaru pro řízení úlohy pro kilocluster UCSC a projektu ENCODE .