Pseudomonas putida -Pseudomonas putida
| Pseudomonas putida | |
|---|---|
Vědecká klasifikace 
|
|
| Doména: | Bakterie |
| Kmen: | Proteobakterie |
| Třída: | Gammaproteobakterie |
| Objednat: | Pseudomonadales |
| Rodina: | Pseudomonadaceae |
| Rod: | Pseudomonas |
| Skupina druhů : | Skupina Pseudomonas putida |
| Druh: |
P. putida
|
| Binomické jméno | |
|
Pseudomonas putida Trevisan, 1889
|
|
| Typ kmene | |
|
ATCC 12633 CCUG 12690 |
|
| Synonyma | |
|
Bacillus fluorescens putidus“ Flugge 1886 |
|
Pseudomonas putida je gram-negativní , tyčinkovité, Saprotrofní půdní bakterie .
Na základě analýzy 16S rRNA byl P. putida taxonomicky potvrzen jako druh Pseudomonas ( sensu stricto ) a byl spolu s několika dalšími druhy zařazen do skupiny P. putida , které propůjčuje své jméno. Nedávná fylogenomická analýza 494 úplných genomů z celého rodu Pseudomonas však jasně ukázala, že genomy, které byly pojmenovány jako P. putida, netvořily monofyletický clade, ale byly rozptýleny a vytvořily širší evoluční skupinu (skupinu putida), která zahrnovala další druhy, například Pseudomonas alkylphenolia, Pseudomonas monteilii, Pseudomonas cremoricolorata, Pseudomonas fulva, Pseudomonas parafulva, Pseudomonas entomophila, Pseudomonas mosselii a Pseudomonas plecoglossicida .
Různé P. putida , tzv multiplasmid uhlovodík degradující Pseudomonas , je první patentovaný organismus na světě. Vzhledem k tomu, že se jedná o živý organismus, byl patent zpochybněn a předložen Nejvyššímu soudu Spojených států v historickém soudním sporu Diamond v. Chakrabarty , který vynálezce Ananda Mohan Chakrabarty vyhrál. Ukazuje velmi různorodý metabolismus, včetně schopnosti degradovat organická rozpouštědla, jako je toluen . Tato schopnost se využívá při bioremediaci nebo při použití mikroorganismů k degradaci látek znečišťujících životní prostředí. Použití P. putida je výhodnější než u některých jiných druhů Pseudomonas schopných takové degradace, protože se jedná o bezpečný druh bakterií, na rozdíl například od P. aeruginosa , který je oportunistickým lidským patogenem.
Genomika
Počet proteinů a obsah GC v (63) genomech, které patří do širší evoluční skupiny P. putida (jak je definována fylogenomickou analýzou 494 úplných genomů z celého rodu Pseudomonas ), se pohybuje mezi 3748–6780 (průměr: 5197) a mezi 58,7–64,4% (průměr: 62,3%). Základní proteom analyzovaných 63 genomů (ze skupiny P. putida ) obsahoval 1724 proteinů, z nichž pouze 1 hlavní protein byl specifický pro tuto skupinu, což znamená, že ve všech ostatních analyzovaných pseudomonádách chyběl .
Použití
Bioremediace
Pro bioremediaci lze využít různorodý metabolismus kmenů divokého typu P. putida ; v laboratoři se například ukázalo, že funguje jako půdní očkovací látka k nápravě půd kontaminovaných naftalenem .
Pseudomonas putida je schopen přeměnit styrenový olej na biologicky odbouratelný plast PHA . To může být užitečné v efektivní recyklaci z polystyrénové pěny, jinak považovány nejsou biologicky odbouratelné.
Biocontrol
Pseudomonas putida prokázal potenciální biokontrolní vlastnosti jako účinný antagonista tlumení nemocí, jako je Pythium a Fusarium .
Podpisy použití oligonukleotidů genomu P. putida KT2440
Užitečné měřítkem bakteriálního genomového podpisu je použití di- až pentanukleotidů a seznam nejhojnějších okta- až tetradecanukleotidů . P. putida KT2440 chromozomu se vyznačuje provazce symetrie a vnitrořetězcový paritě komplementárních oligonukleotidů. Každý tetranukleotid se vyskytuje s podobnou frekvencí na dvou vláknech. Použití tetranukleotidů je ovlivněno obsahem G + C a fyzikálně-chemickými omezeními, jako je energie základního stohování, úhel zkroucení dinukleotidové vrtule nebo ohebnost trinukleotidu. Těch 105 oblastí s atypickým složením oligonukleotidů lze diferencovat podle jejich vzorců využití oligonukleotidů do kategorií horizontálně získaných genových ostrovů, multidoménových genů nebo starých oblastí, jako jsou geny pro ribozomální proteiny a RNA. Druhově specifická extragenní palindromická sekvence je nejčastější repeticí v genomu, kterou lze využít k typizaci kmenů P. putida . V kódující sekvenci P. putida je LLL nejhojnějším tripeptidem.
Organická syntéza
Přístupnost Pseudomonas putida ke genetické manipulaci umožnila jeho použití při syntéze mnoha organických farmaceutických a zemědělských sloučenin z různých substrátů.
Spotřeba CBB5 a kofeinu
Pseudomonas putida CBB5, neinženýrská odrůda divokého typu nalezená v půdě, může žít na kofeinu a bylo pozorováno, že rozkládá kofein na oxid uhličitý a amoniak.
Reference
externí odkazy
- Shrnutí posouzení rizik, CEPA 1999. Pseudomonas putida CR30RNSLL (pADPTel) .
- Pseudomonas putida je příkladem růstu rostlin podporujícího Rhizobacterium, který produkuje látky chelatující železo.
- Typový kmen Pseudomonas putida na Bac Dive - metadatabáze bakteriální rozmanitosti