Taxonomická databáze - Taxonomic database

Taxonomickou databáze je databáze vytvořená pro uchování informací o biologické taxonů - například skupin organismů organizovaných druhového jména nebo jiné taxonomické identifikátor - pro efektivní správu dat a získávání informací . Taxonomické databáze se běžně používají pro automatizované vytváření biologických kontrolních seznamů, jako jsou floras a faunas , a to jak pro tištěné publikace, tak online; podpořit provoz webových informačních systémů o druzích; jako součást řízení biologického sběru (například v muzeích a herbářích ); stejně jako poskytování, v některých případech, složky správy taxonu v širších vědeckých nebo biologických informačních systémech. Jsou také zásadním příspěvkem k disciplíně informatiky biologické rozmanitosti .

Fotbalová branka

Cílem taxonomické databáze je (nebo by mělo být) přesné modelování zájmových charakteristik, které jsou relevantní pro organismy, které jsou v rozsahu zamýšleného pokrytí a využití systému. Například databáze hub , řas , mechorostů a vyšších rostlin by musely zakódovat konvence z Mezinárodního kodexu botanické nomenklatury, zatímco jejich protějšky pro zvířata a většinu protistů by zakódovaly ekvivalentní pravidla z Mezinárodního kodexu zoologické nomenklatury ; v obou případech je modelování příslušné taxonomické hierarchie pro jakýkoli taxon přirozeným spojením s relačním modelem používaným téměř ve všech databázových systémech. Kromě kódování identifikátorů organismu (nejčastěji kombinace vědeckého jména, autora a - u zoologických taxonů - roku původního vydání) může taxonomická databáze často obsahovat další taxonomické informace, jako jsou synonyma a taxonomické názory, literární zdroje nebo citace, plus řadu biologických atributů podle požadavků každého taxonu, jako je zeměpisné rozšíření, ekologie, popisné informace, ohrožený nebo zranitelný stav atd.

Dějiny

Pravděpodobně nejdříve zdokumentovaná správa taxonomických informací v počítačové podobě zahrnovala taxonomický kódovací systém vyvinutý Richardem Swartzem a kol. na Virginia Institute of Marine Science for the Biota of Chesapeake Bay a popsána ve zveřejněné zprávě z roku 1972. Tato práce vedla přímo nebo nepřímo k dalším projektům s větším profilem, včetně systému taxonomického kódu NODC, který prošel 8 verzemi, než byl ukončen v roce 1996 , které mají být zahrnuty a transformovány do stále aktuálního integrovaného taxonomického informačního systému (ITIS). Řada dalších taxonomických databází specializujících se na konkrétní skupiny organismů, které se objevily v 70. letech 20. století až do současnosti, společně přispívají k projektu Species 2000, který od roku 2001 spolupracuje s ITIS na výrobě kombinovaného produktu Katalog života . Zatímco katalog života se v současné době soustřeďuje na shromažďování základních informací o jménech jako globální kontrolní seznam druhů, řada dalších projektů taxonomických databází, jako je Fauna Europaea , australský faunální adresář, a další poskytuje bohaté doplňkové informace včetně popisů, ilustrací, map a dalších. Mnoho projektů taxonomických databází je aktuálně uvedeno na stránce TDWG „Biodiversity Information Projects of the World“.

Problémy

Zastoupení taxonomických informací ve strojově kódovatelné formě vyvolává řadu problémů, s nimiž se v jiných oblastech nesetkáváme, například alternativní způsoby citování stejného druhu nebo jiného názvu taxonu, stejný název používaný pro více taxonů ( homonyma ), více neaktuálních jména stejného taxonu ( synonyma ), změny názvu a definice pojmu taxonu v čase a další. Jedno fórum, které od roku 1985 podporuje diskusi a možná řešení těchto a souvisejících problémů, je Informační standardy biologické rozmanitosti (TDWG) , původně nazvané Pracovní skupina pro taxonomickou databázi.

Viz také

Reference