Doména vázající methyl-CpG - Methyl-CpG-binding domain
| MBD | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 struktura řešení lidské MECO2
| |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | MBD | ||||||||
| Pfam | PF01429 | ||||||||
| Klan Pfam | CL0081 | ||||||||
| InterPro | IPR001739 | ||||||||
| SCOP2 | 1qk9 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00122 | ||||||||
| |||||||||
Methyl-CpG-vazebná doména (MBD) v molekulární biologii váže na DNA, která obsahuje jeden nebo více symetricky methylované CpG . MBD má zanedbatelnou nespecifickou afinitu k nemetylované DNA. Potisk in vitro s chromozomálním proteinem MeCP2 ukázal, že MBD může chránit 12 nukleotidovou oblast obklopující pár methyl CpG.
Methylace DNA na CpG dinukleotidy, nejběžnější modifikace DNA u eukaryot, byla spojena s různými jevy, jako jsou změny ve struktuře chromatinu, genomový otisk, inaktivace transpozonu a chromozomu X , diferenciace a rakovina . Účinky methylace DNA jsou zprostředkovány proteiny, které se vážou na symetricky methylované CpG. Takové proteiny obsahují specifickou doménu ~ 70 zbytků, doménu vázající methyl-CpG (MBD), která je spojena s dalšími doménami spojenými s chromatinem, jako je bromodoména , motiv AT hook , doména SET nebo prst PHD . Zdá se, že proteiny obsahující MBD působí jako strukturní proteiny, které přijímají různé komplexy histon-deacetylázy (HDAC) a faktory remodelace chromatinu , což vede ke zhutnění chromatinu a následně k transkripční represi . MBD MeCP2, MBD1 , MBD2 , MBD4 a BAZ2 zprostředkovává vazbu na DNA a v případech MeCP2, MBD1 a MBD2 přednostně na methylovaný CpG. U lidských MBD3 a SETDB1 bylo prokázáno, že MBD zprostředkovává interakce protein-protein . MBD se také nacházejí v DNA demethyláze .
MBD se složí do sendvičové struktury alfa / beta obsahující vrstvu zkrouceného beta listu, podloženého další vrstvou tvořenou spirálou alfa1 a vlásenkovou smyčkou na C konci. Tyto vrstvy jsou obě amfipatické , přičemž spirála alfa 1 a beta vrstva leží rovnoběžně a hydrofobní plochy těsně proti sobě. Beta vrstva se skládá ze dvou dlouhých vnitřních řetězců (beta2 a beta3) vložených do dvou kratších vnějších řetězců (beta1 a beta4).
Struktura MBD domény vázané na methylovanou DNA byla vyřešena ( PDB : 3C2I ). Rozpoznává hydrataci hlavní drážky na methylovaných místech.