18S ribozomální RNA - 18S ribosomal RNA

18S ribozomální RNA (zkráceně 18S rRNA ) je součástí ribozomální RNA . S v 18S představuje jednotky Svedberg . 18S rRNA je SSU rRNA , součást eukaryotické ribozomální malé podjednotky ( 40S ). 18S rRNA je strukturní RNA pro malou složku eukaryotických cytoplazmatických ribozomů , a tedy jednu ze základních složek všech eukaryotických buněk.

18S rRNA je eukaryotický cytosolický homolog 16S ribozomální RNA v prokaryotech a mitochondriích .

Geny kódující 18S rRNA jsou označovány jako 18S rRNA geny . Sekvenční data z těchto genů jsou široce používána v molekulární analýze k rekonstrukci evoluční historie organismů, zejména u obratlovců, protože její pomalá rychlost evoluce je vhodná k rekonstrukci starověkých divergencí.

Používá se ve fylogenezi

Gen 18S rRNA malé podjednotky (SSU) je jedním z nejčastěji používaných genů ve fylogenetických studiích a důležitým markerem pro náhodnou cílovou polymerázovou řetězovou reakci (PCR) při screeningu biologické rozmanitosti životního prostředí. Obecně lze říci, že genové sekvence rRNA jsou snadno přístupné díky vysoce konzervovaným okrajovým oblastem, které umožňují použití univerzálních primerů . Jejich opakované uspořádání v genomu poskytuje nadměrné množství templátové DNA pro PCR, a to i v nejmenších organismech. Gen 18S je součástí ribozomálního funkčního jádra a je vystaven podobným selektivním silám u všech živých bytostí. Když tedy byly publikovány první rozsáhlé fylogenetické studie založené na 18S sekvencích ( např . Field a kol. , 1988), byl tento gen oslavován jako hlavní kandidát na rekonstrukci metazoského stromu života . Sekvence 18S později poskytly důkazy o rozdělení kladů Ecdysozoa a Lophotrochozoa (monofyletická skupina organismů složených ze společného předka a všech jeho přímých potomků), čímž přispěly k nejnovější revoluční změně v našem chápání metazoanských vztahů.

Během druhé poloviny dvacátých let a se zvýšeným počtem taxonů zahrnutých do molekulárních fylogenií se však projevily dva problémy. Za prvé, existuje převažující sekvenční překážky v zástupců určitých taxonů, jako jsou měkkýš třídy Solenogastres a Tryblidia , vybraný mlžů taxonů a záhadné korýšů třídy Remipedia . Neschopnost získat sekvence 18S jednotlivých taxonů je považována za běžný jev, ale je zřídka někdy hlášena. Zadruhé, na rozdíl od původně velkých nadějí nemůže 18S vyřešit uzly na všech taxonomických úrovních a jeho účinnost se u jednotlivých subtypů značně liší. Toto bylo diskutováno jako účinek rychlého starověkého záření během krátkých období. V současné době se předpokládá, že multigenové analýzy poskytují spolehlivější výsledky pro sledování událostí hlubokého větvení v Metazoa, ale 18S se stále ve velké míře používá ve fylogenetických analýzách.

Reference

Tento článek včlení text CC-By-2.0 z reference.