Bakteriální taxonomie - Bacterial taxonomy

Bakteriální taxonomie je taxonomie , tj. Klasifikace bakterií na základě hodnosti .

Ve vědecké klasifikaci zavedené Carl Linnaeus musí být každý druh přiřazen k rodu ( binární nomenklatura ), což je zase nižší úroveň hierarchie řad (rodina, podřád, řád, podtřída, třída, divize/fyla, království a doména). V aktuálně přijímané klasifikaci života existují tři domény ( eukaryoty , bakterie a archaea ), které z hlediska taxonomie mají navzdory dodržování stejných zásad několik různých konvencí mezi sebou a mezi svými podřízenými divizemi, protože jsou studovány různými obory ( botanika, zoologie, mykologie a mikrobiologie). Například v zoologii existují typové vzorky, zatímco v mikrobiologii existují typové kmeny.

Rozmanitost

Prokaryoty sdílejí mnoho společných rysů, jako je nedostatek jaderné membrány, jednobuněčnost, dělení binárním štěpením a obecně malá velikost. Jednotlivé druhy se navzájem liší na základě několika charakteristik, které umožňují jejich identifikaci a klasifikaci. Mezi příklady patří:

• Fylogeneze : Všechny bakterie pocházejí ze společného předka a jsou diverzifikované od té doby, a proto mají různé úrovně evoluční příbuznosti (viz Bakteriální fyla a časová osa evoluce )
• Metabolismus : Různé bakterie mohou mít různé metabolické schopnosti (viz Mikrobiální metabolismus )
• Prostředí : Různým bakteriím se daří v různých prostředích, jako jsou vysoké/nízké teploty a sůl (viz Extremophiles )
• Morfologie : Mezi bakteriemi existuje mnoho strukturálních rozdílů, jako je tvar buňky, Gramovo barvení (počet lipidových dvojvrstev) nebo dvouvrstvé složení (viz Bakteriální buněčné morfologie , Bakteriální buněčná struktura )

Dějiny

První popisy

Bakterie byly poprvé pozorovány Antoniem van Leeuwenhoekem v roce 1676 pomocí mikroskopu s jedním objektivem jeho vlastní konstrukce. Říkal jim „ animalcules “ a svá pozorování publikoval v sérii dopisů Královské společnosti .

Mezi rané popsané rody bakterií patří Vibrio a Monas , OF OF Müller (1773, 1786), poté klasifikované jako Infusoria (nicméně mnoho druhů dříve zahrnutých do těchto rodů je dnes považováno za protisty); Polyangium , HF Link (1809), první dodnes uznávaná bakterie; Serratia , od Bizio (1823); a Spirillum , Spirochaeta a Bacterium , Ehrenberg (1838).

Termín Bacterium , zavedený jako rod Ehrenbergem v roce 1838, se stal univerzálním pro tyčinkovité buňky.

Rané formální klasifikace

Bakterie byly nejprve klasifikovány jako rostliny tvořící třídu Schizomycetes , které spolu se Schizophyceae (modrozelené řasy/ sinice ) vytvořily kmen Schizophyta .

Haeckel v roce 1866 umístil skupinu do kmene Moneres (od μονήρης: jednoduchý) v království Protista a definuje je jako zcela bez strukturní a homogenní organismy, skládající se pouze z kousku plazmy. Rozdělil kmen na dvě skupiny:

• die Gymnomoneren (bez obálky)
  • Protogeny - například Protogenes primordialis , nyní klasifikované jako eukaryot a nikoli jako bakterie
  • Protamaeba - nyní klasifikovaná jako eukaryot a ne jako bakterie
  • Vibrio - rod čárkovitých bakterií poprvé popsaný v roce 1854)
  • Bacterium - rod tyčinkovitých bakterií poprvé popsaný v roce 1828, který později dal své jméno členům Monery, dříve anglicky označovaných jako „moneron“ (množné číslo „monera“) a „ eine Moneren “ (fem. Pl „ Moneres “) v němčině
  • Bacillus -rod spórotvorných tyčinkovitých bakterií poprvé popsaných v roce 1835
  • Spirochaeta - tenké spirálovité bakterie poprvé popsané v roce 1835
  • Spirillum - spirálovité bakterie poprvé popsané v roce 1832
  • atd.
• die Lepomoneren (s obálkou)
  • Protomonas - nyní klasifikován jako eukaryot a nikoli jako bakterie. Název byl znovu použit v roce 1984 pro nesouvisející rod bakterií
  • Vampyrella - nyní klasifikovaná jako eukaryot a ne jako bakterie

Klasifikace Ferdinanda Cohna (1872) byla vlivná v devatenáctém století a rozpoznala šest rodů: Micrococcus , Bacterium , Bacillus , Vibrio , Spirillum a Spirochaeta .

Skupina byla později překlasifikován jako prokaryot podle Chatton .

O klasifikaci sinic (hovorově „modrozelené řasy“) se bojovalo mezi řasami nebo bakteriemi (například Haeckel klasifikoval Nostoc v kmeni Archephyta řas).

v roce 1905 Erwin F. Smith přijal 33 platných různých názvů bakteriálních rodů a přes 150 neplatných jmen a Vuillemin ve studii z roku 1913 dospěl k závěru, že všechny druhy bakterií by měly spadat do rodů Planococcus , Streptococcus , Klebsiella , Merista , Planomerista , Neisseria , Sarcina , Planosarcina , Metabacterium , Clostridium , Serratia , Bacterium a Spirillum .

Cohn poznal čtyři kmeny : Spherobacteria, Microbacteria, Desmobacteria a Spirobacteria. Stanier a van Neil poznali království Monera se dvěma phylami, Myxophyta a Schizomycetae, které zahrnovaly třídy Eubacteriae (tři řády), Myxobacteriae (jeden řád) a Spirochetae (jeden řád). Bisset rozlišoval 1 třídu a 4 řády: Eubacteriales, Actinomycetales, Streptomycetales a Flexibacteriales. Systém Walter Migula , který byl ve své době nejrozšířenějším systémem a zahrnoval všechny tehdy známé druhy, ale byl založen pouze na morfologii, obsahoval tři základní skupiny Coccaceae, Bacillaceae a Spirillaceae, ale také Trichobacterinae pro vláknité bakterie. Orla-Jensen založil dva řády: Cephalotrichinae (sedm rodin) a Peritrichinae (pravděpodobně pouze s jednou rodinou). Bergey a kol. představil klasifikaci, která obecně následovala po závěrečné zprávě Výboru společnosti amerických bakteriologů z roku 1920 (Winslow et al.), která rozdělila třídu Schizomycetes do čtyř řádů: Myxobacteriales, Thiobacteriales, Chlamydobacteriales a Eubacteriales, přičemž pátou skupinu tvoří čtyři rody považované za meziprodukty mezi bakteriemi a prvoci: Spirocheta , Cristospira , Saprospira a Treponema .

Různí autoři však často překlasifikovali rody kvůli nedostatku viditelných rysů, které by mohli projít, což mělo za následek špatný stav, který v roce 1915 shrnul Robert Earle Buchanan. Do té doby získala celá skupina různé hodnosti a jména od různých autorů, konkrétně:

• Schizomycetes (Naegeli 1857)
• Bacteriaceae (Cohn 1872 a)
• Bakterie (Cohn 1872 b)
• Schizomycetaceae ( DeToni a Trevisan 1889)

Kromě toho se rodiny, do kterých byla třída rozdělena, měnily od autora k autorovi a u některých, jako například Zipf, byla jména v němčině a nikoli v latině.

První vydání bakteriologického kódu v roce 1947 vyřešilo několik problémů.

AR Prévotův systém) měl čtyři subfyly a osm tříd, a to následovně:

• Eubacteriales (třídy Asporulales a Sporulales)
• Mycobacteriales (třídy Actinomycetales, Myxobacteriales a Azotobacteriales)
• Algobacteriales (třídy Siderobacteriales a Thiobacteriales)
• Protozoobacteriales (třída Spirochetales)

Linnaeus 1735	Haeckel 1866	Chatton 1925	Copeland 1938	Whittaker 1969	Woese a kol. 1990	Cavalier-Smith 1998	Cavalier-Smith 2015
2 království	3 království	2 říše	4 království	5 království	3 domény	2 říše, 6 království	2 říše, 7 království
(neošetřeno)	Protista	Prokaryota	Monera	Monera	Bakterie	Bakterie	Bakterie
					Archaea		Archaea
		Eukaryota	Protoctista	Protista	Eukarya	Prvoci	Prvoci
						Chromista	Chromista
Vegetabilia	Plantae		Plantae	Plantae		Plantae	Plantae
				Houby		Houby	Houby
Animalia	Animalia		Animalia	Animalia		Animalia	Animalia

Neformální skupiny založené na Gramově barvení

Přesto, tam je malá shoda na hlavních podskupin bakterií , Gramovo barvení výsledky byly nejčastěji používány jako klasifikační nástroj. Následně, až do příchodu molekulární fylogeneze, bylo království Prokaryota rozděleno do čtyř divizí. Klasifikační schéma stále formálně následovalo Bergeyho příručkou systematické bakteriologie pro uspořádání řádu

• Gracilicutes (gramnegativní)
  • Fotobakterie (fotosyntetické): třída Oxyphotobacteriae (voda jako donor elektronů, zahrnuje řád Cyanobacteriales = modrozelené řasy, nyní kmen Cyanobacteria ) a třída Anoxyphotobacteriae (anaerobní fototrofy, řády: Rhodospirillales a Chlorobiales
  • Scotobacteria ( nefotosyntetická , nyní Proteobacteria a další gramnegativní nefotosyntetická fyla )
• Firmacutes [sic] (grampozitivní, následně opraveno na Firmicutes )
  • několik řádů, jako jsou Bacillales a Actinomycetales (nyní v kmeni Actinobacteria )
• Mollicutes (gramová proměnná, např. Mycoplasma )
• Mendocutes (nerovnoměrné gramové skvrny, „metanogenní bakterie“, nyní známé jako Archaea )

Molekulární éra

„Archaické bakterie“ a Woeseova reklasifikace

Woese tvrdil, že bakterie, archea a eukaryoty představují oddělené linie sestupu, které se na počátku lišily od rodové kolonie organismů. Několik biologů tvrdí, že Archaea a Eukaryota pocházejí ze skupiny bakterií. V každém případě se má za to, že viry a archea začaly vztahy přibližně před dvěma miliardami let a že mezi členy těchto skupin může docházet ke koevoluci . Je možné, že posledním společným předkem bakterií a archea byl teplomil, což vyvolává možnost, že nižší teploty jsou archaealně „extrémní prostředí“ a organismy, které žijí v chladnějších prostředích, se objevily až později. Vzhledem k tomu, že archaea a bakterie spolu nesouvisejí více než s eukaryoty, jediný dochovaný význam prokaryota není „eukaryot“, což omezuje jeho hodnotu.

S vylepšenými metodologiemi vyšlo najevo, že methanogenní bakterie se hluboce liší a jsou (mylně) považovány za relikty starověkých bakterií, takže Carl Woese , považován za předchůdce revoluce molekulární fylogeneze, identifikoval tři primární linie původu: Archaebacteria , Eubacteria a Urkaryotes , druhé nyní reprezentované nukleocytoplazmatickou složkou eukaryot . Tyto linie byly formalizovány do řadové domény ( latinsky regio ), která rozdělovala Život na 3 domény: Eukaryota , Archaea a Bacteria .

Členění

V roce 1987 rozdělil Carl Woese Eubacteria do 11 divizí na základě sekvencí 16S ribozomální RNA (SSU), které s několika přírůstky se používají dodnes.

Opozice

Zatímco systém tří domén je široce přijímán, někteří autoři se z různých důvodů stavěli proti.

Jeden prominentní vědec, který je proti systému tří domén, je Thomas Cavalier-Smith , který navrhl, aby Archaea a eukaryoty ( Neomura ) pocházely z grampozitivních bakterií ( Posibacteria ), které zase pocházejí z gramnegativních bakterií ( Negibacteria ) na základě několika logické argumenty, které jsou vysoce kontroverzní a komunitou molekulární biologie je obecně opomíjejí ( srov. komentáře recenzentů, např. Eric Bapteste je ohledně závěrů „agnostický“) a často nejsou v recenzích ( např .) uvedeny kvůli subjektivní povaze učiněné předpoklady.

Navzdory tomu, že existuje množství statisticky podporovaných studií směřujících k zakořenění stromu života mezi bakteriemi a Neomurou pomocí řady metod, včetně těch, které jsou pro zrychlenou evoluci nepropustné-což tvrdí Cavalier-Smith být zdrojem údajného klamu v molekulárních metodách - existuje několik studií, které vyvodily různé závěry, z nichž některé kladou kořen do kmene Firmicutes s vnořenými archeami.

Molekulární taxonomie Radhey Gupty, založená na konzervovaných signálních sekvencích proteinů, zahrnuje monofyletickou gramnegativní kladu, monofyletickou grampozitivní kladu a polyphyletickou archeotu odvozenou od grampozitivních. Molekulární analýza Hori a Osawy naznačila souvislost mezi metabakteriemi (= Archeota) a eukaryoty. Jediné kladistické analýzy bakterií založené na klasických důkazech do značné míry potvrzují výsledky Gupty (viz komplexní mega-taxonomie ).

James Lake představil uspořádání 2 primárních království (Parkaryotae + eukaryoty a eocyty + Karyotae) a navrhl schéma 5 primárních království (Eukaryota, Eocyta, Methanobacteria, Halobacteria a Eubacteria) založené na ribozomální struktuře a schématu 4 primárního království (Eukaryota, Eocyta ( Methanobacteria , and Photocyta ), bakterie klasifikované podle 3 hlavních biochemických inovací: fotosyntéza (Photocyta), methanogeneze (Methanobacteria) a sirné dýchání ( Eocyta ). Objevil také důkazy, že gramnegativní bakterie vznikly ze symbiózy mezi 2 grampozitivními bakteriemi.

Úřady

Klasifikace je seskupování organismů do postupně inkluzivnějších skupin na základě fylogeneze a fenotypu, zatímco nomenklatura je aplikace formálních pravidel pro pojmenovávání organismů.

Nomenklaturní autorita

Přestože neexistuje žádná oficiální a úplná klasifikace prokaryot, názvy (nomenklatura) dané prokaryotům jsou upraveny Mezinárodním kódem nomenklatury bakterií ( Bakteriologický kód ), knihou, která obsahuje obecné úvahy, zásady, pravidla a různé poznámky a radí podobným způsobem jako kódy nomenklatury jiných skupin.

Klasifikační orgány

Taxony, které byly správně popsány, jsou shrnuty v Bergeyově příručce systematické bakteriologie , jejímž cílem je pomoci při identifikaci druhů a je považována za nejvyšší autoritu. K dispozici je online verze taxonomického přehledu bakterií a archea (TOBA) [1] .

Seznam prokaryotických jmen se stálým názvoslovím (LPSN) je online databáze, která v současné době obsahuje přes dva tisíce přijatých jmen s jejich odkazy, etymologiemi a různými poznámkami.

Popis nových druhů

International Journal of Systematic Bacteriology / International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSB / IJSEM) je přezkoumána časopis, který působí jako oficiální mezinárodní fórum pro vydání nové prokaryotické taxonů. Pokud je druh publikován v jiném časopise pro vzájemné hodnocení, může autor odeslat žádost na IJSEM s příslušným popisem, který je -li správný, nový druh bude uveden ve validačním seznamu IJSEM.

Rozdělení

Sbírky mikrobiální kultury jsou depozitáři kmenů, jejichž cílem je chránit je a distribuovat. Mezi hlavní patří:

Zkratka kolekce	název	Umístění
ATCC	American Type Culture Collection	Manassas , Virginie
NCTC	Národní sbírka typových kultur	Veřejné zdraví Anglie , Spojené království
BCCM	Belgický koordinovaný sběr mikroorganismů	Gent , Belgie
CIP	Collection d'Institut Pasteur	Paříž , Francie
DSMZ	Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen	Braunschweig , Německo
JCM	Japonská sbírka mikroorganismů	Saitama , Japonsko
NCCB	Nizozemská kulturní sbírka bakterií	Utrecht , Nizozemsko
NCIMB	Národní sbírka průmyslových, potravinářských a mořských bakterií	Aberdeen , Skotsko
ICMP	Mezinárodní sběr mikroorganismů z rostlin	Auckland , Nový Zéland
CECT	Sbírka kultury španělského typu	Valencia , Španělsko

Analýzy

Bakterie byly nejprve klasifikovány pouze na základě jejich tvaru (vibrio, bacillus, coccus atd.), Přítomnosti endospor, gramového barvení, aerobních podmínek a motility. Tento systém se změnil studiem metabolických fenotypů, kde byly použity metabolické charakteristiky. V poslední době, s příchodem molekulární fylogeneze, se k identifikaci druhů používá několik genů, z nichž nejdůležitější je gen 16S rRNA , následovaný 23S , oblastí ITS , gyrB a dalšími pro potvrzení lepšího rozlišení. Nejrychlejší způsob, jak identifikovat izolovaný kmen s určitým druhem nebo rodem, se dnes provádí amplifikací jeho 16S genu s univerzálními primery a sekvenováním 1,4kb amplikonu a jeho odesláním do specializované webové identifikační databáze, a to buď Ribosomal Database Project [ 2] , které zarovnávají sekvenci s jinými 16S sekvencemi pomocí pekelných, sekundární struktura zakládá globální zarovnání nebo ARB SILVA , která zarovnává sekvence pomocí SINA (inkrementální zarovnávač SILVA), který provádí lokální zarovnání semene a prodlužuje jej [3] .

Existuje několik identifikačních metod:

• Fenotypové analýzy
  • analýzy mastných kyselin
  • Podmínky růstu ( agarová plotna , vícejamkové plotny Biolog )
• Genetické analýzy
  • Hybridizace DNA-DNA
  • Profilování DNA
  • Sekvence
  • GC poměry
• Fylogenetické analýzy
  • Fylogeneze na bázi 16S
  • fylogeneze založená na jiných genech
  • Vícegenová sekvenční analýza
  • Analýza založená na sekvenci celého genomu

Nové druhy

Minimální standardy pro popis nového druhu závisí na tom, ke které skupině daný druh patří. srov

Candidatus

Candidatus je součástí taxonomického názvu pro bakterii, kterou nelze uchovávat ve sbírce bakteriologické kultury. Jedná se o prozatímní taxonomický status pro nekultivovatelné organismy. např. „ Candidatus Pelagibacter ubique “

Koncept druhu

Bakterie se rozdělují nepohlavně a z velké části nevykazují regionalismy („ Všechno je všude “), proto se pojem druhu, který nejlépe funguje pro zvířata, stává zcela věcí úsudku.

Počet vyjmenovaných druhů bakterií a archea (přibližně 13 000) je překvapivě malý vzhledem k jejich rané evoluci, genetické rozmanitosti a pobytu ve všech ekosystémech. Důvodem jsou rozdíly v pojmech druhů mezi bakteriemi a makroorganismy, potíže s pěstováním/charakterizací v čisté kultuře (předpoklad pojmenování nových druhů, viz výše ) a rozsáhlý horizontální přenos genů, který stírá rozlišování druhů.

Nejčastěji přijímanou definicí je polyfázická definice druhu, která bere v úvahu jak fenotypové, tak genetické rozdíly. Rychlejší diagnostický práh ad hoc k oddělení druhů je méně než 70% hybridizace DNA – DNA, což odpovídá méně než 97% identity 16S DNA sekvence. Bylo poznamenáno, že pokud by to bylo aplikováno na klasifikaci zvířat, řádoví primáti by byli jediným druhem. Z tohoto důvodu byly navrženy přísnější definice druhů založené na sekvencích celého genomu.

Patologie vs. fylogeneze

V ideálním případě by taxonomická klasifikace měla odrážet evoluční historii taxonů, tj. Fylogenezi. Ačkoli existují určité výjimky, pokud se fenotyp ve skupině liší, zejména z lékařského hlediska. Následuje několik příkladů problematických klasifikací.

Escherichia coli : příliš velká a polyphyletická

V čeledi Enterobacteriaceae třídy Gammaproteobacteria jsou druhy z rodu Shigella ( S. dysenteriae , S. flexneri , S. boydii , S. sonnei ) z evolučního hlediska kmeny druhu Escherichia coli (polyfyletické), ale v důsledku genetických rozdílů způsobují různé patologické stavy v případě patogenních kmenů. Matoucím způsobem jsou také kmeny E. coli, které produkují toxin Shiga známý jako STEC .

Escherichia coli je špatně klasifikovaný druh, protože některé kmeny sdílejí pouze 20% svého genomu. Protože je tak rozmanitý, měl by mít vyšší taxonomické hodnocení. Vzhledem ke zdravotním stavům spojeným s tímto druhem však nebude změněn, aby nedošlo k záměně v lékařském kontextu.

Skupina Bacillus cereus : blízká a polyphyletická

Podobným způsobem, že Bacillus druhy (= kmen Firmicutes ) patřící do skupiny " B. cereus skupiny" ( B. anthracis , B. cereus , B. Thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis a B. Medusa ) mají 99-100% podobnou sekvenci 16S rRNA (97% je běžně citovaný adekvátní mezní druh) a jsou polyphyletické, ale ze zdravotních důvodů (antrax atd. ) zůstávají oddělené.

Yersinia pestis : extrémně nedávné druhy

Yersinia pestis je ve skutečnosti kmen Yersinia pseudotuberculosis , ale s ostrovem patogenity, který propůjčuje drasticky odlišnou patologii (černý mor a symptomy podobné tuberkulóze), která vznikla před 15 000 až 20 000 lety.

Vnořené rody v Pseudomonas

V gamaproteobakteriálním řádu Pseudomonadales jsou rod Azotobacter a druh Azomonas macrocytogenes ve skutečnosti členy rodu Pseudomonas , ale byly špatně klasifikovány kvůli schopnostem fixovat dusík a velké velikosti rodu Pseudomonas, což činí klasifikaci problematickou. To se v blízké budoucnosti pravděpodobně napraví.

Vnořené rody v Bacillus

Dalším příkladem velkého rodu s vnořenými rody je rod Bacillus , v němž rody Paenibacillus a Brevibacillus jsou vnořené klady. V současné době není dostatek genomických dat k úplné a účinné opravě taxonomických chyb v Bacillus .

Agrobacterium : odolnost vůči změně názvu

Na základě molekulárních údajů bylo ukázáno, že rod Agrobacterium je vnořen do Rhizobium a druhy Agrobacterium přeneseny do rodu Rhizobium (výsledkem je následující komp. Nov .: Rhizobium radiobacter (dříve známý jako A. tumefaciens) , R. rhizogenes , R . rubi , R. undicola a R. vitis ) Vzhledem k rostlinné patogenní povaze druhů Agrobacterium bylo navrženo zachovat rod Agrobacterium a tento druh byl protiargumentován

Nomenklatura

Taxonomická jména jsou psána kurzívou (nebo podtržena, když jsou psána ručně) majuskulovým prvním písmenem s výjimkou epitet pro druhy a poddruhy. Přestože jsou tautonyma (např. Bizoní bizoni ) v zoologii běžní, nejsou přijatelná a názvy taxonů používaných v zoologii, botanice nebo mykologii nelze pro bakterie znovu použít (názvy botaniky a zoologie sdílejí názvy).

Nomenklatura je soubor pravidel a konvencí, kterými se řídí názvy taxonů. Rozdíl v nomenklatuře mezi různými královstvími/doménami je popsán v.

U bakterií musí mít platná jména latinský nebo neolatinský název a mohou používat pouze základní latinská písmena (včetně w a j, viz historie latinské abecedy ), spojovníky, akcenty a další písmena proto nejsou přijímány a měly by být přepsány správně (např. ß = ss). Starověká řečtina je psána řeckou abecedou a musí být přepsána do latinské abecedy.

Při vytváření složených slov je zapotřebí spojovací samohláska v závislosti na původu předchozího slova, bez ohledu na slovo, které následuje, pokud toto slovo nezačne samohláskou, v takovém případě se nepřidá žádná spojovací samohláska. Pokud je první sloučenina latina, pak spojovací samohláska je -i-, zatímco pokud je první sloučenina řečtina, spojovací samohláska je -o-.

Etymologie jmen konzultujte s LPSN .

Pravidla pro vyšší taxony

U prokaryot ( bakterie a archaea ) se hodnostní království nepoužívá (ačkoli někteří autoři označují phyla jako království)

Pokud je nový nebo pozměněný druh zařazen do nových řad, podle pravidla 9 bakteriologického kodexu se název vytvoří přidáním vhodné přípony ke stonku názvu rodového typu. Pro podtřídy a třídu doporučení z obecně následoval, což má za následek neutrální množném čísle, ale několik jmen nenásledují toto a místo toho držet v úvahu řecko-latinské mluvnice (např ženských plurals thermotogae , aquificae a chlamýdie , mužští plurals chloroflexi , bacily a Deinococci a řecké plurals spirochety , gemmatimonadetes a Chrysiogenetes ).

Hodnost	Přípona	Příklad
Rod	-ae	( Elusimicrobiae )
Podkmene (nepoužívaný)	-Inu	( Elusimicrobiinae )
Kmen (nepoužívaný)	-ee	( Elusimicrobiieae )
Podčeleď	-oideae	( Elusimicrobioideae )
Rodina	-aceae	Elusimicrobiaceae
Podřád	-ineae	( Elusimicrobineae )
Objednat	-prodejci	Elusimicrobiales
Podtřída	-idae	( Elusimicrobidae )
Třída	-IA	Elusimikrobie
Kmen	viz text	Elusimikrobie

Phyla konce

Na bakterie Phyla se nevztahuje bakteriologický kód, vědecká komunita však obecně dodržuje taxonomii Ncbi a Lpsn , kde název kmene je obecně množným číslem rodu typu, s výjimkou firem Firmicutes , Cyanobacteria a Proteobacteria , jejichž jména nepochází z rodového jména. Vyšší taxony navržené Cavalierem-Smithem komunita molekulární fylogeneze obecně ignoruje ( např .) ( Viz výše ).

Pro Archaea se používá přípona -archaeota . Pro bakteriální fylu bylo navrženo, aby byla pro fylu použita přípona -bakterie .

V důsledku toho je pro hlavní phyla název phyla stejný jako první popsaná třída:

• Acidobacteria (od Acidobacterium )
• Actinobacteria (od Actinomyces )
• Caldisericia (z Caldisericum )
• Elusimicrobia (od Elusimicrobium )
• Fusobacteria (z Fusobacterium )
• Thermodesulfobacteria (z Thermodesulfobacterium )
• Thermotogae (od Thermotoga )
• Aquificae (od Aquifexu )
• Chlamydiae (z Chlamydia )
• Chloroflexi (od Chloroflexus )
• Chrysiogenetes (od Chrysiogenes )
• Gemmatimonadetes (od Gemmatimonas )
• Deferribacteres (od Deferribacter )

Zatímco u ostatních, kde se pro třídu používá přípona -ia bez ohledu na gramatiku, se liší:

• kmen Bacteroidetes vs. třída Bacteroidia z Bacteroides
• kmen Chlorobi vs. třída Chlorobia z Chlorobium
• kmen Verrucomicrobia vs. třída Verrucomicrobiae z Verrucomicrobium (anomální název třídy)
• kmen Dictyoglomi versus třída Dictyoglomia z Dictyoglomus
• kmen Fibrobacter versus třída Fibrobacteria z Fibrobacter (viz přípona -bacter , všimněte si rozdílu s Deferribacteres )
• kmen Lentisphaerae versus třída Lentisphaeria z Lentisphaera
• kmen Nitrospira nebo Nitrospirae versus třída Nitrospira od Nitrospira
• kmen Spirochaetes versus třídní Spirochaeta ze Spirochaeta
• kmen Synergistetes versus třídní Synergistetia od Synergistes
• kmen Planctomycetes proti Planctomycea z Planctomyces

Výjimkou je kmen Deinococcus – Thermus , který nese pomlčený pár rodů-pro platná jména jsou přijímána pouze latinská písmena bez přízvuku, ale phyla není oficiálně uznávána. Nedávno bylo navrženo pozměnit bakteriologický kód tak, aby jako koncovka pro bakteriální fylu určoval -aeota a aby názvy byly odvozeny z typové třídy v kmeni. To by vyžadovalo následující změny:

Jména po lidech

Několik druhů je pojmenováno po lidech, buď objevitel, nebo slavná osoba v oblasti mikrobiologie, například Salmonella je po DE Salmonovi, který ji objevil (byť jako „Bacillus typhi“).

Pro generický epiteton musí být všechna jména odvozená od lidí v ženském nominativním případě, a to buď změnou koncovky na -a nebo na zdrobnělinu -ella, v závislosti na jméně.

Pro konkrétní epiteton lze jména převést buď na adjektivní formu (sčítání -nus (m.), -Na (f.), -Num (n.) Podle pohlaví rodového jména) nebo genitiv latinizované jméno.

Jména za místy

Mnoho druhů (specifické epiteton) je pojmenováno podle místa, kde jsou přítomny nebo nalezeny (např. Thiospirillum jenense ). Jejich jména jsou vytvořena vytvořením přídavného jména spojením názvu lokality s koncovkou -ensis (m. Nebo f.) Nebo ense (n.) V souladu s rodem rodového jména, pokud pro dané místo neexistuje klasický latinský přívlastek . Názvy míst by však v genitivním případě neměly být používány jako podstatná jména.

Lidová jména

Navzdory skutečnosti, že některé hetero/homogenní kolonie nebo biofilmy bakterií mají názvy v angličtině (např. Zubní plak nebo hvězdicová želé ), žádný bakteriální druh nemá v angličtině lidový/triviální/běžný název.

U jmen v jednotném čísle nelze vytvořit množné číslo ( singulare tantum ), protože by to znamenalo více skupin se stejným označením a nikoli více členů této skupiny (analogicky v angličtině jsou židle a stoly druhy nábytku, které nelze použít v množném čísle „nábytek“ k popisu obou členů), naopak názvy v množném čísle jsou pluralia tantum. Částečnou výjimku z toho však činí použití lidových jmen. Aby se však zabránilo opakování taxonomických jmen, která narušují tok prózy, často se používají a doporučují lidová jména členů rodu nebo vyšších taxonů, která se vytvářejí zapsáním jména taxonů ve větě římské („standardní“ v MS Office), proto považujeme vlastní podstatné jméno za anglické běžné podstatné jméno (např. Salmonellas), ačkoli se diskutuje o gramatice množných čísel, která může být buď regulárním množným číslem přidáním -(e) s (salmonellas) nebo používat starověkou řeckou nebo latinskou množnou formu ( nepravidelné množné číslo ) podstatného jména (salmonely); to druhé je problematické, protože množné číslo - bakterie by bylo - bakterie, zatímco množné číslo myces (NL masc. n. od Gr. masc. n. mukes) je mycetes.

U některých jmen existují zvyky, například ty, které končí na -monas, jsou převedeny na -monad (jedna pseudomonáda, dvě aeromonády a ne -monády).

Bakterie, které jsou etiologickou příčinou onemocnění, jsou často označovány názvem onemocnění a následným popisným podstatným jménem (bakterie, bacil, kokus, původce nebo název jejich kmene), např. Bakterie cholery ( Vibrio cholerae ) nebo Lyme disease spirochete ( Borrelia) burgdorferi ), všimněte si také rickettsialpox ( Rickettsia akari ) (více viz).

Treponema je převedeno na treponeme a množné číslo je treponeme, nikoli treponemata.

Některé neobvyklé bakterie mají zvláštní názvy, například Quinův ovál ( Quinella ovalis ) a Walsbyovo náměstí ( Haloquadratum walsbyi ).

Před příchodem molekulární fylogeneze měla řada vyšších taxonomických skupin pouze triviální názvy, která se používají dodnes, z nichž některá jsou polyphyletická, například Rhizobacteria. Některá vyšší taxonomická triviální jména jsou:

• Modrozelené řasy jsou členy kmene Cyanobacteria
• Zelené nesírové bakterie jsou členy kmene Chloroflexi
• Zelené bakterie síry jsou členy Chlorobi
• Fialové bakterie jsou některé, ale ne všechny, členy kmene Proteobacteria
• Fialové sirné bakterie jsou členy řádu Chromatiales
• Grampozitivní bakterie s nízkým G+C jsou členy kmene Firmicutes , bez ohledu na obsah GC
• Gram-pozitivní bakterie s vysokým G+C jsou členy kmene Actinobacteria , bez ohledu na obsah GC
• Rhizobacteria jsou členy různých rodů proteobakterií
• Rhizobia jsou členy řádu Hyphomicrobiales
• Laktátové streptokoky jsou členy rodu Lactococcus
• Koryneformní bakterie patří do čeledi Corynebacteriaceae
• Plodné klouzavé bakterie nebo myxobakterie jsou členy řádu Myxococcales
• Enterikové jsou členy řádu Enterobacteriales , ačkoli se tomuto výrazu vyhýbají, pokud nežijí ve střevech, jako je Pectobacterium
• Bakterie kyseliny octové jsou členy čeledi Acetobacteraceae

Terminologie

• Zkratka pro druhy je sp. (množné číslo spp. ) a používá se po druhové epiteton k označení druhů tohoto rodu. Často se používá k označení kmene rodu, pro který tento druh není znám, protože organismus nebyl dosud popsán jako druh nebo byly provedeny nedostatečné testy k jeho identifikaci. Například Halomonas sp. GFAJ-1
• Pokud je bakterie známá a dobře studovaná, ale není kultivovatelná, je v jejím názvu uveden termín Candidatus
• Basonym je původní název nové kombinace, konkrétně křestní jméno dané taxonu před jeho reklasifikací
• Synonymum je alternativní název pro taxon, tj. Taxon byl dvakrát chybně popsán
• Když je taxon přenesen, stává se novou kombinací (komb. Nov.) Nebo nomina nova (nom. Nov.)
• paraphyly , monophyly a polyphyly

Viz také

• Pořadí větvení bakteriální fyly (Woese, 1987)
• Pořadí větvení bakteriální fyly (Gupta, 2001)
• Pořadí větvení bakteriální fyly (Cavalier-Smith, 2002)
• Pořadí větvení bakteriální fyly (Rappe a Giovanoni, 2003)
• Pořadí větvení bakteriální fyly (Battistuzzi et al., 2004)
• Pořadí větvení bakteriální fyly (Ciccarelli et al., 2006)
• Pořadí větvení bakteriální fyly podle ARB Silva Living Tree
• Pořadí větvení bakteriální phyla (databáze genomu taxonomie, 2018)
• Bakteriální phyla , komplikovaná klasifikace
• Seznam rodů Archaea
• Seznam rodů bakterií
• Seznam bakteriálních řádů
• Seznam latinských a řeckých slov běžně používaných v systematických jménech
• Seznam sekvenovaných archaealních genomů
• Seznam sekvenovaných prokaryotických genomů
• Seznam klinicky významných bakterií
• Problém druhu
• Evoluční stupeň
• Komplex kryptických druhů
• Synonymum (taxonomie)
• Taxonomie
• LPSN , seznam přijatých bakteriálních a archaealních jmen
• Sinice , kmen běžných bakterií, ale v současnosti špatně klasifikovaný
• Projekt lidského mikrobiomu
• Mikrobiální ekologie

Reference